令和５年度病院勤務者勤務環境改善事業・救急医療体制強化事業【仕入控除税額報告】
基本情報
この補助金のまとめ
この補助金の特徴
補助率10/10の全額補助で病院の負担ゼロ
本事業の補助率は原則として10/10、すなわち対象経費の全額が補助されます。資産形成経費（設備等の取得費用）については9/10ですが、それでも極めて高い補助率です。病院にとっては実質的に自己負担なく勤務環境改善に取り組めるため、財務面でのハードルが非常に低い制度といえます。
医療人材の離職防止・定着に特化した支援
医師および看護職員の勤務環境改善に特化した補助金であり、離職防止、負担軽減、復職支援、定着促進といった医療人材確保に直結する取組が対象です。医療人材不足が深刻化する中、現場の勤務環境を改善することで人材の流出を防ぐ実効性の高い施策です。
救急医療体制の中核病院を重点支援
救急車年間受入2,000件以上の病院を対象とした救急医療体制強化の要素も含まれており、東京都の救急医療を支える中核的な病院に対して集中的な支援が行われます。救急医療の現場は特に過酷な労働環境にあるため、重点的な支援の意義は大きいです。
仕入控除税額報告による適正な補助金運用
本申請フォームは仕入控除税額の報告用であり、既に補助金の交付を受けた事業者が消費税の確定申告で仕入税額控除を行った場合に報告が必要となります。適正な補助金運用を確保するための重要な手続きです。
ポイント
対象者・申請資格
病院勤務者勤務環境改善事業の対象
- 東京都内に所在する病院（医療法に基づく病院）
- 医師および看護職員の勤務環境改善に取り組む病院
- 離職防止・定着促進または再就業支援の取組を実施する病院
救急医療体制強化事業の対象
- 東京都内に所在する病院
- 救急車の年間受入件数が2,000件以上の病院
- 東京都の救急医療体制の中核を担う病院
仕入控除税額報告の対象者
- 上記事業の補助金を既に受領した病院
- 消費税の確定申告において仕入税額控除を行った病院
- 報告期間内に仕入控除税額が確定した病院
報告の条件
- 補助事業に係る経費について消費税の仕入税額控除を行った場合
- 実施要綱および交付要綱に定める報告義務を有する場合
ポイント
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申請ガイド
ステップ1：消費税確定申告の確認
補助事業に係る経費について、消費税の確定申告で仕入税額控除を行ったかどうかを確認します。経理部門や顧問税理士と連携して、対象となる控除額を特定します。
ステップ2：仕入控除税額の算定
補助対象経費に含まれる消費税のうち、仕入税額控除の対象となった金額を正確に算定します。個別対応方式と一括比例配分方式のどちらを採用しているかによって計算方法が異なります。
ステップ3：報告書の作成
jGrants（電子申請システム）を通じて、仕入控除税額報告書を作成します。算定した控除税額、計算根拠、消費税確定申告書の写し等を添付します。
ステップ4：報告書の提出
東京都保健医療局医療政策部医療人材課宛に報告書を提出します。jGrantsでの電子提出のほか、郵送での提出も可能です。
ステップ5：確認・精算
東京都による報告内容の確認後、仕入控除税額に相当する補助金の返還が求められる場合があります。返還手続きの指示に従い、適切に対応します。
ポイント
審査と成功のコツ
正確な税額計算の実施
期限内の確実な提出
証拠書類の適切な保管
経理部門との緊密な連携
ポイント
対象経費
対象となる経費
勤務環境改善経費(4件)
- 短時間正規雇用制度導入費
- 交代制勤務体制整備費
- 院内保育所運営費
- 休憩・仮眠環境整備費
離職防止・定着支援経費(4件)
- メンタルヘルスケア対策費
- キャリア支援プログラム費
- 福利厚生充実費
- ハラスメント防止対策費
再就業支援経費(3件)
- 復職支援研修費
- ブランクのある医療者向け研修費
- 復職相談窓口運営費
救急体制強化経費(4件)
- 救急対応人員確保費
- 夜間・休日体制強化費
- 救急医療機器整備費
- 救急部門の環境改善費
設備整備費（資産形成経費）(4件)
- ICT導入費
- 業務効率化設備費
- 休憩施設整備費
- 院内保育施設整備費
対象外の経費
対象外の経費一覧(8件)
- 病院の通常運営に係る経常的経費
- 補助対象外の診療部門の経費
- 土地・建物の取得費
- 既存設備の通常の維持管理費
- 飲食・接待に係る費用
- 事業に直接関係しない研修・出張費
- 他の補助金で賄われている経費
- 消費税の仕入税額控除対象額
よくある質問
Q仕入控除税額報告とは何ですか？
仕入控除税額報告とは、補助金を受領した事業者が消費税の確定申告において仕入税額控除を行った場合に、その控除額を補助金交付者（東京都）に報告する手続きです。補助金で賄った経費に含まれる消費税を仕入税額控除すると、実質的に補助金と控除の二重の利益を得ることになるため、報告と必要に応じた返還が求められます。これは補助金の適正運用を確保するための制度です。
Q報告の対象となるのはどのような病院ですか？
令和5年度の病院勤務者勤務環境改善事業または救急医療体制強化事業の補助金を受領した東京都内の病院が対象です。消費税の課税事業者で、補助対象経費について仕入税額控除を行った場合に報告義務が生じます。消費税の免税事業者や、簡易課税制度を選択している事業者は、仕入税額控除の計算方法が異なるため、顧問税理士に確認してください。
Q報告期限はいつまでですか？
jGrantsでの申請受付期間は2025年10月29日から2026年3月31日までです。消費税の確定申告後、速やかに報告することが求められます。期限を過ぎた場合、補助金の返還請求や今後の補助金申請に影響する可能性がありますので、余裕を持って対応してください。
Q補助率10/10ということは自己負担はゼロですか？
一般経費については補助率10/10のため、対象経費の全額が補助されます。ただし、資産形成経費（設備等の取得費用）については9/10の補助率となり、1/10は自己負担です。また、補助対象外の経費は全額自己負担となります。実施要綱および交付要綱に定める対象経費の範囲を確認し、どの費用が補助対象となるかを事前に把握しておくことが重要です。
Q報告書はどのように提出しますか？
jGrants（電子申請システム）を通じて報告書を提出します。また、郵送での提出も可能で、送付先は東京都保健医療局医療政策部医療人材課人材計画担当（〒163-8001 新宿区西新宿二丁目8番1号）です。電子メール（S1150404@section.metro.tokyo.jp）での問い合わせも受け付けています。不明点がある場合は、電話（03-5320-4441）で事前に確認することをお勧めします。
Q仕入控除税額を報告しなかった場合どうなりますか？
仕入控除税額の報告を怠った場合、補助金の交付条件に違反することとなり、補助金の全部または一部の返還を命じられる可能性があります。また、悪質な場合は加算金を付して返還が求められることもあります。さらに、今後の東京都の補助金事業への申請において不利に扱われる可能性もあります。適正な報告を行い、必要な返還手続きに誠実に対応することが重要です。
Q他の補助金・助成金と併用できますか？
本事業は東京都保健医療局が実施する医療機関向け補助金であり、同一経費に対する国・都の二重補助は認められません。ただし、厚生労働省の「医療勤務環境改善支援事業」や「地域医療介護総合確保基金」事業など、異なる事業として実施される補助金との組み合わせは、対象経費が異なる範囲において可能な場合があります。また、東京都が実施する他の医療関連補助金（医療機器整備費補助、感染症対策補助等）との併用も、経費の重複がなければ認められる可能性があります。いずれの場合も、事前に東京都保健医療局医療人材課に確認し、適正な経費区分を行ってください。なお、仕入控除税額報告の対象となった消費税額は、実質的に補助金の一部返還と同義であるため、経理処理においても注意が必要です。
詳細説明
令和5年度病院勤務者勤務環境改善事業・救急医療体制強化事業（仕入控除税額報告）の概要
本事業は、東京都保健医療局が都内病院の医師および看護職員の勤務環境改善を支援するための補助金制度です。本申請フォームは、補助金を受領した病院が消費税の仕入税額控除を行った場合に、その控除額を報告する手続きに関するものです。
事業の目的
病院が実施する医師および看護職員の勤務環境を改善し、離職防止と定着を図る取組、および職場を離れた医師等の再就業を支援する取組に対して、東京都が必要な経費を補助することにより、都内医療体制の安定的な確保に資することを目的としています。
救急医療体制強化の目的
救急医療体制の強化を図るため、都内の救急医療体制の中核を担う救急車年間受入2,000件以上の病院に対して、医師および看護職員の勤務環境を改善し、離職防止、負担軽減、復職、定着を図る取組に必要な経費を補助します。これにより、救急医療体制の安定的な確保に資することを目的としています。
補助率
- 一般経費：10/10（全額補助）- 対象経費の全額が補助されます
- 資産形成経費：9/10 - 設備等の取得費用は9割が補助されます
対象となる病院
東京都内に所在する病院で、以下のいずれかに該当する医療機関が対象です。
- 医師および看護職員の勤務環境改善に取り組む病院
- 離職防止・定着促進の取組を実施する病院
- 職場を離れた医師等の再就業支援に取り組む病院
- 救急車年間受入2,000件以上の救急医療機関
仕入控除税額報告の制度趣旨
補助金を受領した病院が消費税の確定申告において仕入税額控除を行った場合、補助対象経費に含まれる消費税分は実質的に補助金と控除の二重の利益となります。この二重利益を是正するため、仕入控除税額を東京都に報告し、該当額を返還する制度が設けられています。補助金の適正運用を確保するための重要な手続きです。
報告の手続き
- 消費税の確定申告内容を確認し、補助対象経費に係る仕入控除税額を算定します
- jGrants（電子申請システム）または所定の書式で報告書を作成します
- 東京都保健医療局医療政策部医療人材課に報告書を提出します
- 東京都による確認後、必要に応じて返還手続きを実施します
報告にあたっての注意事項
医療機関は社会保険診療報酬等の非課税売上が大きな割合を占めるため、課税売上割合に基づく仕入控除税額の按分計算が必要になる場合があります。個別対応方式と一括比例配分方式のどちらを採用しているかによって計算方法が異なりますので、顧問税理士と連携して正確な算定を行ってください。
根拠法令
- 病院勤務者勤務環境改善事業・救急医療体制強化事業実施要綱
- 病院勤務者勤務環境改善事業・救急医療体制強化事業交付要綱
問い合わせ先
東京都保健医療局医療政策部医療人材課 人材計画担当
住所：〒163-8001 新宿区西新宿二丁目8番1号
電話：03-5320-4441（直通）
メール：S1150404@section.metro.tokyo.jp
医療機関における消費税の特殊性
医療機関の消費税処理には特殊な事情があります。社会保険診療報酬は消費税が非課税とされているため、医療機関の売上に占める非課税売上の割合が非常に高くなります。この結果、課税売上割合が95%未満となるケースが一般的であり、仕入税額控除は全額ではなく課税売上割合に応じた按分計算が必要となります。この「控除対象外消費税（損税）」は医療機関経営における長年の課題として知られています。
インボイス制度への対応
令和5年10月に開始されたインボイス制度（適格請求書等保存方式）の導入により、仕入税額控除の要件がより厳格になっています。補助対象経費に係る支出について、適格請求書の保存状況を確認し、控除の可否を正確に判断する必要があります。
報告に関するご不明な点がございましたら、東京都保健医療局医療政策部医療人材課（電話：03-5320-4441）までお気軽にお問い合わせください。適切な報告の実施は、今後の補助金事業への円滑な参加にもつながります。
関連する東京都の医療支援制度
東京都では本事業のほかにも、医療従事者の勤務環境改善に関する複数の支援制度を設けています。「地域医療勤務環境改善体制整備事業」はICTやチーム医療の推進に、「勤務環境改善医師派遣等推進事業」は医師派遣を通じた負担軽減に特化しています。これらの事業を組み合わせることで、院内改革と地域連携の両面から包括的な勤務環境改善を実現できます。各事業の仕入控除税額報告はそれぞれ個別に行う必要がありますので、複数の補助金を受給されている医療機関は、事業ごとの経費区分と報告スケジュールを計画的に管理してください。