令和7年度 薬局における電子処方箋の活用・普及の促進事業 補助金
基本情報
この補助金のまとめ
この補助金の特徴
国の補助金に上乗せの東京都独自助成
社会保険診療報酬支払基金からの補助金に加え、東京都が独自に上乗せ助成を行う制度です。国と都の両方から支援を受けられるため、薬局の実質的な負担額を大幅に軽減できます。
3つの事業区分で幅広くカバー
初期導入（97,000円）、新機能追加導入（64,000円）、同時導入（138,000円）の3区分が設定されており、薬局の導入状況に応じた適切な補助を受けられます。既に初期導入済みの薬局も新機能の追加で対象になります。
新機能5種への対応を支援
リフィル処方箋、口頭同意による重複投薬等チェック結果の閲覧、マイナンバーカード署名、処方箋ID検索、調剤結果ID検索の5つの新機能導入を支援します。今後の医療DXに必要な機能を先行して整備できます。
申請手続きが比較的シンプル
既に社会保険診療報酬支払基金の補助金交付決定を受けていることが前提条件のため、基本的な審査は国の段階で完了しています。東京都への申請は上乗せ部分の手続きとなり、比較的簡潔な申請で済みます。
ポイント
対象者・申請資格
申請者の要件
- 東京都内に所在する保険薬局であること
- 健康保険法第63条第3項各号に定める保険薬局に限定
- 法人・個人を問わず都内の保険薬局であれば対象
前提条件
- 申請時点で電子処方箋管理サービスの整備を完了していること
- 社会保険診療報酬支払基金から補助金の交付決定を既に受けていること
- 両方の条件を満たさない場合は申請不可
対象事業の種類
- (1) 電子処方箋管理サービスの初期導入（上限97,000円）
- (2) 新機能5種の追加導入（上限64,000円）
- (3) 初期導入と新機能の同時導入（上限138,000円）
導入期限
- 令和7年度は令和7年9月30日までに導入完了したものが対象
- 導入完了日が期限を超えると対象外
対象外となるケース
- 東京都以外に所在する薬局
- 保険薬局以外の薬局
- 電子処方箋の整備未完了の段階での申請
- 社会保険診療報酬支払基金の補助金未申請・未交付決定の状態
ポイント
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申請ガイド
ステップ1：電子処方箋管理サービスの導入計画策定
まず自薬局のシステム環境を確認し、電子処方箋管理サービスの導入に必要な改修内容をシステムベンダーと協議します。レセプトコンピューターや電子薬歴システムの対応状況を把握し、導入スケジュールと費用見積もりを取得します。
ステップ2：システム導入の実施
システムベンダーと契約し、電子処方箋管理サービスの導入作業を進めます。レセプトコンピューターの改修、新機能の設定、薬局職員への操作研修を令和7年9月30日までに完了させます。導入に関する書類（契約書、請求書、領収書等）を確実に保管してください。
ステップ3：社会保険診療報酬支払基金への申請
電子処方箋の導入完了後、社会保険診療報酬支払基金に補助金を申請します。支払基金からの交付決定通知を受領することが、東京都への申請の前提条件となります。
ステップ4：東京都への補助金申請
支払基金の交付決定を受けた後、東京都の補助金申請書類を準備します。対象事業の区分（(1)初期導入、(2)新機能、(3)同時導入）を正しく選択し、必要書類を揃えて申請します。申請期間は令和7年12月26日までです。
ステップ5：交付決定と精算
東京都からの交付決定通知を受け、補助金が交付されます。補助金額は実際の導入費用と補助上限額のいずれか低い方となります。関連書類は所定の期間保管してください。
ポイント
審査と成功のコツ
導入スケジュールの管理
対象事業区分の正確な選択
必要書類の確実な保管
新機能の活用計画
ポイント
対象経費
対象となる経費
システム改修費(3件)
- レセプトコンピューターの改修費
- 電子薬歴システムの改修費
- 電子処方箋管理サービス接続設定費
新機能導入費(5件)
- リフィル処方箋機能導入費
- 重複投薬チェック機能導入費
- マイナンバーカード署名機能導入費
- 処方箋ID検索機能導入費
- 調剤結果ID検索機能導入費
付随費用(3件)
- 職員への実施指導・研修費
- テスト運用に係る費用
- マニュアル作成費
対象外の経費
対象外の経費一覧(8件)
- 電子処方箋管理サービスの月額利用料・ランニングコスト
- パソコン・タブレット等のハードウェア購入費
- インターネット回線の新規敷設・月額費用
- 薬局の内装工事費
- 消費税および地方消費税
- 導入完了期限（令和7年9月30日）を過ぎてから発生した費用
- 社会保険診療報酬支払基金の補助金で既に措置された同一経費
- 薬局の日常的なシステム保守・メンテナンス費用
よくある質問
Q東京都以外の薬局でも申請できますか？
いいえ、本補助金は東京都内に所在する保険薬局のみが対象です。東京都以外の薬局は、各道府県や自治体が独自に実施する同様の補助制度をご確認ください。
Q社会保険診療報酬支払基金の補助金を受けていなくても申請できますか？
申請できません。支払基金からの補助金の交付決定を受けていることが本補助金の前提条件です。まず支払基金の補助金を申請し、交付決定を受けてから東京都に申請してください。
Q初期導入済みの薬局が新機能だけ追加する場合の補助上限額はいくらですか？
新機能の追加導入（事業区分(2)）の補助上限額は64,000円です。リフィル処方箋、重複投薬チェック、マイナンバーカード署名、処方箋ID検索、調剤結果ID検索の5機能の導入費用が対象となります。
Q導入完了期限はいつですか？
令和7年度は令和7年9月30日までに導入を完了している必要があります。この期限を過ぎてから導入した場合は本年度の補助対象外となりますので、早めの導入をお勧めします。
Q補助金はいつ支払われますか？
東京都への申請後、審査を経て交付決定がなされた後に補助金が支払われます。事後申請型のため、まず薬局が導入費用を支払い、その後に補助金を受け取る流れとなります。
Q複数の薬局を経営している場合、各店舗で申請できますか？
はい、補助金は薬局単位での申請となりますので、複数店舗を経営している場合は各店舗ごとに申請が可能です。ただし、各店舗がそれぞれ前提条件（導入完了、支払基金の交付決定）を満たしている必要があります。
Q電子処方箋の導入にかかる費用の総額はどのくらいですか？
導入費用はシステムベンダーや既存システムの構成により異なりますが、一般的に初期導入で20〜50万円程度、新機能追加で10〜30万円程度が目安です。国の補助金と都の補助金を合わせることで、自己負担を大幅に軽減できます。
Q他の補助金・助成金と併用できますか？
本補助金は、社会保険診療報酬支払基金の電子処方箋導入補助金を既に受けていることが前提条件です。国の補助金と東京都の補助金の二階建てで、導入費用の自己負担を最小化できます。 さらに、薬局のIT化全般を支援する制度として、IT導入補助金（中小企業庁）の活用も検討できます。電子処方箋以外のシステム（在庫管理、予約管理等）の導入と合わせて申請することで、薬局のDX推進を包括的に進められます。 また、東京都では医療機関向けにも同様の電子処方箋導入補助金を別途実施しています。薬局と医療機関の両方で電子処方箋に対応することで、地域全体での医療DXが進みます。 キャッシュレス決済の導入補助金など、薬局の利便性向上に関連する他の補助制度との併用も検討価値があります。ただし、同一経費への重複補助は原則として認められないため、補助対象経費の切り分けには注意が必要です。
詳細説明
薬局における電子処方箋の活用・普及の促進事業補助金の詳細解説
制度の背景
電子処方箋は、医療機関と薬局の間で処方箋情報を電子的にやり取りする仕組みです。2023年1月に運用が開始され、医療DXの重要な柱として全国的な普及が進められています。東京都は第四期医療費適正化計画の一環として、都内薬局への導入を独自に支援しています。
補助制度の概要
東京都が都内の保険薬局を対象に、電子処方箋管理サービスの導入費用の一部を補助する制度です。社会保険診療報酬支払基金の補助金に上乗せする形で、薬局の初期導入コストを軽減します。令和7年度は令和7年9月30日までに導入完了した費用が対象となります。
3つの補助対象事業
本補助金は導入の形態に応じて3つの区分が設けられています。
- 事業区分(1)：初期導入（上限97,000円）- 電子処方箋管理サービスを新たに導入するためのシステム改修、職員研修等の費用
- 事業区分(2)：新機能追加導入（上限64,000円）- 既に初期導入済みの薬局が5つの新機能を追加導入する費用
- 事業区分(3)：同時導入（上限138,000円）- 初期導入と新機能を同時に導入する費用
対象となる新機能
新機能として以下の5つが対象となっています。
- リフィル処方箋：一定期間内に繰り返し使用できる処方箋への対応
- 口頭同意による重複投薬等チェック結果の閲覧：患者の同意のもと他の医療機関での処方情報を確認
- マイナンバーカード署名：マイナンバーカードによる本人確認・署名機能
- 処方箋ID検索：処方箋IDによる電子処方箋の検索機能
- 調剤結果ID検索：調剤結果IDによる情報検索機能
申請の前提条件
本補助金の申請には以下の2つの条件を満たす必要があります。
- 申請時点で電子処方箋管理サービスの整備を完了していること
- 社会保険診療報酬支払基金から補助金の交付決定を既に受けていること
この「事後申請型」の仕組みにより、実際に導入が完了した薬局のみが補助を受けられます。
電子処方箋導入のメリット
電子処方箋の導入は、補助金の有無にかかわらず薬局経営にとって重要な意味を持ちます。
- 処方箋の紛失・偽造リスクの解消
- 重複投薬や相互作用のチェック精度向上
- 調剤業務の効率化と待ち時間の短縮
- リフィル処方箋への対応による患者利便性向上
- 将来的な医療情報連携基盤への対応準備
スケジュールと申請の流れ
令和7年度の場合、以下の流れで進めます。
- 令和7年9月30日までに電子処方箋管理サービスの導入を完了
- 社会保険診療報酬支払基金の補助金を申請し交付決定を受ける
- 東京都の補助金を申請（令和7年12月26日まで）
- 審査・交付決定を経て補助金を受領
問い合わせ先
東京都医療機関・薬局における電子処方箋の活用・普及の促進事業事務局
電話番号：03-6837-0009（平日午前9時から午後5時まで）
ホームページ：東京都電子処方箋事業ページ