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簡単
準備期間の目安: 約14

令和7年度医療機関における電子処方箋の活用・普及の促進事業

基本情報

補助金額
100万円
補助率: 上記の通り
0円100万円
募集期間
2025-09-30 〜 2025-12-26
対象地域東京都
対象業種医療、福祉
使途設備整備・IT導入をしたい

この補助金のまとめ

本補助金は、東京都内の医療機関が電子処方箋管理サービスを導入する際の費用を補助する制度です。2023年1月から全国で運用が開始された電子処方箋ですが、普及率はまだ十分とは言えません。東京都はこの状況を踏まえ、都内医療機関のデジタル化を加速させるべく独自の補助事業を実施しています。補助対象は「初期導入」「新機能導入」「同時導入」の3パターンがあり、医療機関の規模(大規模病院200床以上・病院・診療所)によって補助上限額が異なります。特に重要なのは、社会保険診療報酬支払基金からの交付決定が前提条件となっている点です。つまり、国の補助制度と東京都の補助制度を組み合わせることで、導入コストを大幅に圧縮できる設計になっています。申請期間は2025年9月30日から12月26日までと約3か月間ですが、予算消化状況により早期終了の可能性もあるため、早めの準備をお勧めします。

この補助金の特徴

1

病院規模別の補助上限額が明確に設定

大規模病院(200床以上)は最大100.3万円、病院は最大67.6万円、診療所は最大13.5万円と、規模に応じた補助上限が設定されています。これは同時導入(初期導入+新機能導入)の場合の上限額であり、初期導入のみ・新機能導入のみの場合はそれぞれ個別の上限額が適用されます。自院の規模と導入パターンに応じた補助額を正確に把握することが重要です。

2

3つの導入パターンに対応

補助対象は(1)初期導入(電子処方箋管理サービスの新規導入)、(2)新機能導入(既に電子処方箋を導入済みの医療機関が新機能を追加)、(3)同時導入(初期導入と新機能導入を同時に実施)の3パターンです。既に電子処方箋を導入している医療機関も新機能追加で補助を受けられるため、段階的なデジタル化にも対応しています。

3

国の制度との併用を前提とした設計

社会保険診療報酬支払基金からの交付決定が申請の前提条件となっています。これは国の電子処方箋導入補助と東京都の補助を重ね掛けする仕組みであり、医療機関の実質的な自己負担を最小限に抑える制度設計です。補助率は大規模病院・病院が1/6、診療所が1/4と設定されています。

4

電子処方箋の業務効率化メリット

電子処方箋の導入により、処方情報の電子的な共有が可能になり、重複投薬や併用禁忌のチェックが自動化されます。紙の処方箋の管理コスト削減、薬局との情報連携の効率化、患者の利便性向上など、導入後の運用メリットは多岐にわたります。

ポイント

東京都独自の補助制度として、医療機関の規模に応じた補助上限額を設定。国の補助制度(支払基金)との併用を前提とした設計で、初期導入・新機能導入・同時導入の3パターンに対応しています。導入コストの大幅な圧縮が可能です。

対象者・申請資格

医療機関の種別

  • 大規模病院(200床以上):補助率1/6、同時導入で最大1,003,000円
  • 病院(200床未満):補助率1/6、同時導入で最大676,000円
  • 診療所(無床・有床):補助率1/4、同時導入で最大135,000円

所在地要件

  • 東京都内に所在する医療機関であること
  • 保険医療機関として指定を受けていること

前提条件

  • 社会保険診療報酬支払基金から電子処方箋導入に係る交付決定を受けていること
  • 電子処方箋管理サービスの導入または新機能の導入を完了していること(または予定していること)

導入パターン別要件

  • 初期導入:電子処方箋管理サービスを新規に導入する医療機関
  • 新機能導入:既に電子処方箋を運用中で、新たな機能を追加導入する医療機関
  • 同時導入:初期導入と新機能導入を同時に行う医療機関

ポイント

東京都内の保険医療機関(病院・診療所)が対象です。最も重要な前提条件は、社会保険診療報酬支払基金からの交付決定を受けていること。医療機関の病床規模により補助率・補助上限額が異なるため、自院の区分を正確に確認してください。

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申請ガイド

1

ステップ1:支払基金への申請・交付決定の取得

まず社会保険診療報酬支払基金に対して電子処方箋導入の補助申請を行い、交付決定を受けてください。この交付決定が東京都への申請の前提条件となります。導入するシステムベンダーと連携し、見積書や導入計画を準備しましょう。

2

ステップ2:導入パターンの確認と費用の整理

自院が該当する導入パターン(初期導入・新機能導入・同時導入)を確認し、対象となる経費を整理します。病床数に基づく医療機関区分(大規模病院・病院・診療所)も確認し、補助上限額を把握してください。

3

ステップ3:申請書類の準備

東京都が指定する申請様式に必要事項を記入します。支払基金の交付決定通知書の写し、導入費用の見積書・契約書、医療機関の概要がわかる資料などを準備します。

4

ステップ4:申請書の提出

申請期間(2025年9月30日~12月26日)内に、所定の方法で申請書類一式を提出します。予算の消化状況によっては早期に受付を終了する可能性があるため、書類が整い次第速やかに提出することをお勧めします。

5

ステップ5:交付決定・実績報告・補助金の受領

東京都による審査を経て交付決定が通知されます。導入完了後に実績報告書を提出し、確定検査を経て補助金が交付されます。

ポイント

申請の最大のポイントは、社会保険診療報酬支払基金の交付決定を先に取得することです。申請期間は2025年9月30日~12月26日の約3か月間。予算消化による早期終了リスクがあるため、支払基金への申請を早期に進め、並行して東京都への申請準備を進めましょう。

審査と成功のコツ

支払基金の交付決定を早期に確保する
東京都への申請は支払基金の交付決定が前提条件です。支払基金への申請を最優先で進め、交付決定通知を速やかに取得してください。システムベンダーとの契約・見積もり取得も並行して進めることで、申請までのリードタイムを短縮できます。
自院の規模区分と補助上限額を正確に把握する
大規模病院(200床以上)・病院・診療所で補助率と上限額が大きく異なります。特に200床前後の病院は区分の確認が重要です。また、導入パターン(初期・新機能・同時)によっても上限額が変わるため、最も有利なパターンを選択しましょう。同時導入が可能であれば、補助額が最大化されます。
信頼性の高いシステムベンダーを選定する
電子処方箋管理サービスの導入は、システムベンダーの技術力と対応力に大きく依存します。厚生労働省が公表している対応ベンダーリストを確認し、導入実績が豊富なベンダーを選定しましょう。ベンダーによっては補助金申請のサポートも提供しています。
申請書類の不備を防ぐ
補助金申請では書類の不備が審査遅延の最大の原因です。申請様式の記載要領を熟読し、添付書類の漏れがないか複数人でチェックしてください。特に支払基金の交付決定通知書の写し、導入費用の内訳明細は正確に記載する必要があります。
導入後の運用体制を事前に構築する
電子処方箋の導入はシステム導入で終わりではありません。院内の運用フロー変更、スタッフへの研修、患者への案内など、運用開始に向けた準備を導入工事と並行して進めましょう。スムーズな運用開始が実績報告にも好影響を与えます。

ポイント

成功の鍵は、支払基金の交付決定の早期取得と、自院に最適な導入パターンの選択です。システムベンダーの選定、申請書類の正確な作成、導入後の運用体制構築まで、計画的に進めることで補助金を最大限に活用できます。

対象経費

対象となる経費

電子処方箋管理サービス導入費(3件)
  • 電子処方箋管理サービスのシステム導入費用
  • ソフトウェアライセンス初期費用
  • システム設定・カスタマイズ費用
ハードウェア関連費(3件)
  • 電子処方箋対応端末の購入費
  • ICカードリーダー等の周辺機器購入費
  • ネットワーク機器の購入・設置費
新機能導入費(3件)
  • 電子処方箋の新機能に対応するためのシステム改修費
  • 新機能用ソフトウェアの追加ライセンス費
  • 新機能対応のための設定変更費用
システム連携費(3件)
  • 既存電子カルテシステムとの連携開発費
  • レセプトコンピュータとの接続設定費
  • 院内ネットワーク環境の整備費
導入支援・研修費(3件)
  • システムベンダーによる導入支援費用
  • 操作研修・トレーニング費用
  • 運用テスト・動作確認にかかる費用

対象外の経費

対象外の経費一覧(7件)
  • 電子処方箋管理サービスの月額利用料・ランニングコスト
  • 既存システムの保守・メンテナンス費用
  • 補助対象外の汎用パソコン・タブレット等の購入費
  • 人件費(自院スタッフの作業時間に対する費用)
  • 消費税および地方消費税相当額
  • 支払基金の交付決定前に支出した費用
  • 他の補助金で既に補助を受けている経費

よくある質問

Q支払基金の交付決定をまだ受けていませんが、東京都の補助金に申請できますか?
A

いいえ、社会保険診療報酬支払基金からの交付決定は本補助金の申請の前提条件となっています。まず支払基金に対して電子処方箋導入の補助申請を行い、交付決定を受けてから東京都への申請を行ってください。支払基金への申請手続きには一定の期間がかかるため、東京都の申請期間(2025年12月26日まで)に間に合うよう、早めに支払基金への申請を進めることをお勧めします。

Q診療所ですが、補助額が少ないように感じます。導入メリットはありますか?
A

診療所の補助上限額は同時導入で135,000円、補助率は1/4です。金額面では病院と比較すると少なく見えますが、診療所の電子処方箋導入費用は病院より大幅に低いため、補助率1/4は実質的に導入コストの相当部分をカバーします。さらに支払基金の補助と合わせると自己負担はさらに軽減されます。加えて、電子処方箋による業務効率化、患者サービス向上、医療安全の向上など、導入後の運用メリットは規模を問わず享受できます。

Q既に電子処方箋を導入済みですが、この補助金を利用できますか?
A

はい、利用できる可能性があります。本補助金は(2)新機能導入パターンとして、既に電子処方箋を導入済みの医療機関が新たな機能を追加する場合も補助対象としています。大規模病院は上限226,000円、病院は上限167,000円、診療所は上限61,000円の補助を受けられます。具体的にどの新機能が補助対象となるかは、募集要項で確認してください。

Q200床ちょうどの病院は「大規模病院」と「病院」のどちらに分類されますか?
A

「大規模病院」の定義は200床以上となっていますので、200床ちょうどの病院は「大規模病院」に分類されます。大規模病院は補助率1/6で、同時導入の場合の補助上限額は1,003,000円です。ただし、病床数の算定基準(許可病床数か稼働病床数かなど)については、募集要項を確認するか、東京都の担当窓口にお問い合わせください。

Q同時導入と別々に申請する場合、どちらが有利ですか?
A

同時導入の方が補助上限額が高く設定されており、一般的に有利です。例えば大規模病院の場合、初期導入(811,000円)+新機能導入(226,000円)=合計1,037,000円に対して、同時導入は1,003,000円です。ただし、同時導入の上限額は単純合算より若干低い場合がありますので、実際の導入費用と照らし合わせて判断してください。なお、補助金は別々に申請する前提ではなく、いずれか1つの導入パターンで申請する形式と考えられます。

Q申請期間中であれば必ず採択されますか?
A

申請期間内の申請であっても、必ず採択されるとは限りません。予算には上限があるため、予算の消化状況によっては申請期間内であっても受付を終了する可能性があります。また、申請内容に不備がある場合は補正を求められたり、不採択となる場合もあります。確実に補助を受けるためには、申請期間の早い段階で不備のない書類を提出することが重要です。

Q電子処方箋の導入にはどのくらいの期間がかかりますか?
A

一般的に、システムベンダーの選定から運用開始まで2〜3か月程度を見込む必要があります。具体的には、ベンダー選定・見積取得に2〜4週間、契約・システム設定に2〜4週間、テスト運用・スタッフ研修に2〜4週間が目安です。ただし、既存の電子カルテやレセコンの電子処方箋対応状況、HPKIカードの取得状況、院内ネットワーク環境などによって期間は変動します。申請期間(2025年12月26日まで)と導入完了時期を逆算して、余裕を持ったスケジュールで進めてください。

Q他の補助金・助成金と併用できますか?
A

本補助金は、社会保険診療報酬支払基金の電子処方箋導入補助との併用を前提とした制度設計となっています。むしろ、支払基金の交付決定が東京都への申請の前提条件であるため、両制度を組み合わせて活用することが必須です。 一方で、同一の経費に対して他の都道府県や市区町村の補助金を重複して受けることはできません。国の補助(支払基金)+東京都の補助という二重構造が本制度の特徴ですが、ここにさらに別の補助金を上乗せする場合は、補助対象経費の切り分けが必要になります。 IT導入補助金など国の他の補助制度との併用については、補助対象経費が重複しない範囲で認められる可能性がありますが、事前に東京都の担当窓口に確認することを強くお勧めします。例えば、電子カルテシステムの導入はIT導入補助金で、電子処方箋部分は本補助金でという切り分けが考えられます。 また、医療機関向けのセキュリティ対策補助金やマイナンバーカード対応補助金など、関連するデジタル化補助金との組み合わせも検討に値します。いずれの場合も、経費の二重計上にならないよう、明確な区分経理が求められます。

詳細説明

電子処方箋導入補助の概要

令和7年度医療機関における電子処方箋の活用・普及の促進事業は、東京都が都内医療機関の電子処方箋導入を支援するために実施する補助事業です。電子処方箋は2023年1月に全国で運用が開始されましたが、導入率はまだ十分ではなく、東京都は独自の補助制度を設けることで普及を加速させることを目指しています。

補助対象と補助率

本事業の補助対象は、電子処方箋管理サービスを導入した東京都内の医療機関です。補助率と補助上限額は医療機関の規模によって異なります。

  • 大規模病院(200床以上):補助率1/6
    • 初期導入:上限811,000円
    • 新機能導入:上限226,000円
    • 同時導入:上限1,003,000円
  • 病院(200床未満):補助率1/6
    • 初期導入:上限543,000円
    • 新機能導入:上限167,000円
    • 同時導入:上限676,000円
  • 診療所:補助率1/4
    • 初期導入:上限97,000円
    • 新機能導入:上限61,000円
    • 同時導入:上限135,000円

3つの導入パターン

本補助金は以下の3つの導入パターンに対応しています。

  • (1) 初期導入:電子処方箋管理サービスを新規に導入するケース。まだ電子処方箋を導入していない医療機関が対象です。
  • (2) 新機能導入:既に電子処方箋を導入済みの医療機関が、新たに追加された機能を導入するケース。段階的なシステム拡充に対応しています。
  • (3) 同時導入:初期導入と新機能導入を同時に行うケース。補助上限額が最も高く設定されており、一括導入による効率化が図れます。

申請の前提条件

本補助金の申請にあたっては、社会保険診療報酬支払基金から電子処方箋導入に係る交付決定を受けていることが前提条件となっています。これは国の補助制度と東京都の補助制度を組み合わせる設計であり、医療機関の自己負担を最小限に抑えることを目的としています。

支払基金への申請が未了の場合は、まず支払基金への申請手続きを優先的に進めてください。

申請期間と注意事項

申請期間は2025年9月30日から2025年12月26日までです。約3か月間の申請期間が設けられていますが、予算の消化状況によっては申請期間内であっても受付を終了する可能性があります。導入を検討している医療機関は、早期の申請準備をお勧めします。

電子処方箋導入のメリット

電子処方箋の導入により、医療機関には以下のようなメリットがあります。

  • 医療安全の向上:処方情報の電子的共有により、重複投薬や併用禁忌の自動チェックが可能になります。
  • 業務効率化:紙の処方箋の印刷・管理・保管のコストが削減されます。
  • 薬局連携の強化:処方情報がリアルタイムで薬局に共有され、調剤の正確性と速度が向上します。
  • 患者サービスの向上:患者は処方箋の紛失リスクがなくなり、マイナポータルで処方・調剤情報を確認できるようになります。

導入に向けた準備

電子処方箋の導入には、システムベンダーの選定からネットワーク環境の整備、スタッフ研修まで、一定の準備期間が必要です。一般的に、検討開始から運用開始まで2〜3か月程度を見込んでおくことをお勧めします。特に以下の点について事前に確認・準備を進めてください。

  • HPKIカード(医師資格を電子的に証明するカード)の取得
  • オンライン資格確認システムの導入状況の確認
  • 既存の電子カルテ・レセコンの電子処方箋対応状況の確認
  • 院内ネットワークのセキュリティ要件の確認

関連書類・リンク