薬局が今すぐ確認すべき補助金の全体像
佐藤
補助金エージェント編集長
室谷さん、薬局を経営している知人に「補助金いろいろ聞いたけど何から手をつければいいかわからない」って相談されたんです。
室谷
代表取締役
あー、薬局オーナーさんからその相談、めちゃくちゃ多いですよ。薬局は医療機関のわりに補助金の種類が多くて、経営者が全部把握しきれていないケースが多いんです。
佐藤
補助金エージェント編集長
種類が多い、というのはどういうことですか？
室谷
代表取締役
薬局向けの補助金って大きく分けると3つの軸があって。1つ目が電子処方箋・医療DX系の補助金。厚生労働省が旗振り役で、都道府県が上乗せする形です。2つ目が経済産業省系の汎用的な中小企業向け補助金、たとえばものづくり補助金やデジタル化・AI導入補助金。3つ目が在宅医療対応や店舗設備投資向けの補助金。この3軸を全部把握している薬局経営者って、実はまだ少ないんですよ。
佐藤
補助金エージェント編集長
なるほど！省庁をまたいだ補助金があるんですね。まずどれから見たらいいんでしょう？
室谷
代表取締役
2026年の薬局さんに絞ると、電子処方箋の導入補助を最優先で確認してほしいです。国の医療情報化支援基金（電子処方箋管理サービス補助）は令和8年（2026年）9月まで延長が決まっていて、今がチャンスなんです。電子処方箋の普及率はまだ全体の1割にも届いていないので、補助が手厚い今のうちに動いた方がいい。
佐藤
補助金エージェント編集長
1割以下！？ そんなに少ないんですね。
室谷
代表取締役
2025年3月末時点でもその水準なんです。国が目標を何度も見直してきた経緯があって、だからこそ補助金もしっかり出ているわけですけど（笑）。逆に言えば、今から動けば競合の薬局より早くシステムを整備して、診療報酬での対応もスムーズになる。
佐藤
補助金エージェント編集長
早め早めに動く方が得なんですね。補助金の全体像を整理してもらえますか？
室谷
代表取締役
まとめるとこんな感じです。
| カテゴリ | 主な補助金 | 上限額の目安 |
|---|---|---|
| 電子処方箋・医療DX | 電子処方箋管理サービス補助（国）+ 都道府県上乗せ補助 | 国+都道府県で最大100万円超 |
| デジタル化・AI導入 | デジタル化・AI導入補助金2026（旧IT導入補助金） | 最大450万円 |
| 設備投資・調剤機器 | ものづくり補助金 | 750万〜2,500万円（規模別） |
| 販路・在宅対応 | 小規模事業者持続化補助金 | 最大250万円 |
| 物価高騰対策 | 都道府県の緊急支援（東京都等） | 最大12万円程度 |
佐藤
補助金エージェント編集長
上からざっと最大2,000万円以上使えるっていうことか！
室谷
代表取締役
そうなんです。ただ全部同時に使えるわけじゃなくて、補助金ごとに対象経費が決まっているので、「何を導入したいか」を先に整理してから補助金を選ぶのが正解です。全部いっぺんに取ろうとすると書類が膨大になって、申請が破綻するんですよね（笑）。
電子処方箋・医療DX補助金を徹底解説
佐藤
補助金エージェント編集長
じゃあまず最優先の電子処方箋補助金から詳しく教えてもらえますか？
室谷
代表取締役
はい！構造を把握するのが大事で。国の補助金（医療情報化支援基金）に、都道府県の上乗せ補助が並走しているんです。東京都の薬局なら東京都の補助も使えて、愛知県なら愛知県の補助も使えるという仕組みです。
佐藤
補助金エージェント編集長
国と都道府県を二重取りできるんですか！？
室谷
代表取締役
正確には「上乗せ」で、トータルで受け取れる金額が増えるんですよ。例えば東京都は独自の上乗せ補助を設けていて、薬局が電子処方箋を初期導入した場合に97,000円、新機能（リフィル処方箋・重複投薬チェック等）と同時導入した場合は138,000円まで補助を受けられます（令和7年度実績）。
佐藤
補助金エージェント編集長
東京都独自の数字なんですね。
室谷
代表取締役
そうです。東京都は国の補助金に上乗せして令和7年度東京都薬局物価高騰緊急対策支援金まで出してるくらいですから。愛知県は電子処方箋導入に100万円超を支援していて、令和7年度愛知県電子処方箋活用普及促進事業費補助金（個別申請）と一括申請版の2種類があります。
佐藤
補助金エージェント編集長
個別申請と一括申請って何が違うんですか？
室谷
代表取締役
一括申請は法人が複数店舗まとめて申請できる方式で、チェーン薬局や複数店舗を持つ医療法人向けです。個別申請は1店舗ずつ申請する方式。どちらを使っても補助額は同じ100万円超なんですが、複数店舗なら一括申請の方が手続きが格段に楽ですよ。
佐藤
補助金エージェント編集長
なるほど、使い方次第で効率が全然違うんですね。滋賀県にはどういう補助があるんですか？
室谷
代表取締役
滋賀県は病院・診療所・薬局と分けて補助率が設定されていて、薬局は診療所と同じ1/4の補助率です。令和6年度滋賀県電子処方箋の活用普及促進事業費補助金、上限は約100万円です。
佐藤
補助金エージェント編集長
都道府県によって補助の内容が違うんですね。
室谷
代表取締役
電子処方箋は全都道府県でなんらかの補助がある、と思っておいてもらえばいいです。自分の都道府県で「電子処方箋 補助金 ○○県」と検索すると情報が出てきます。東京・愛知はDBに掲載があるので、東京都の薬局補助金一覧や愛知県の薬局補助金一覧から確認してみてください。
電子処方箋補助金の落とし穴
申請条件として「社会保険診療報酬支払基金から補助金交付決定を受けていること」が必要な都道府県が多いです。国の申請を先に完了させてから、都道府県補助を追加申請する順番が基本です。順番を間違えると都道府県補助が使えなくなることがあるので注意。
佐藤
補助金エージェント編集長
それは知らなかったです！ マイナンバーカード関連の補助金もありましたよね？
室谷
代表取締役
ありますよ。こどもDX推進に向けた医療機関等におけるマイナンバーカード利活用推進事業補助金（個別申請）。PMH（Public Medical Hub）接続のためのシステム改修費用を補助するもので、薬局の場合は上限18,000円・補助率1/4です。金額は小さいですが、電子処方箋対応と合わせて申請するのがおすすめです。
佐藤
補助金エージェント編集長
小さいけど積み重ねると結構な金額になりそうですね。この電子処方箋系の補助を全部比較した表をつくってもらえますか？
室谷
代表取締役
こんな感じです。
| 補助金名 | 対象地域 | 補助上限額 | 補助率 | 申請方式 |
|---|---|---|---|---|
| 令和7年度薬局における電子処方箋補助金 | 東京都 | 138,000円 | 1/4 | 個別 |
| 令和7年度愛知県電子処方箋補助金（個別申請） | 愛知県 | 1,003,000円 | 最大1/4 | 個別 |
| 令和7年度愛知県電子処方箋補助金（一括申請） | 愛知県 | 1,003,000円（1施設あたり） | 最大1/4 | 複数施設一括 |
| 令和6年度滋賀県電子処方箋補助金 | 滋賀県 | 1,003,000円 | 1/4 | 個別 |
| マイナンバーカード利活用補助金 | 東京都 | 18,000円 | 1/4 | 個別 |
佐藤
補助金エージェント編集長
東京都と愛知県では補助金の規模が全然違うんですね！
室谷
代表取締役
愛知県は医療DX推進に積極的な自治体なので、補助が手厚いんです。東京都は令和7年度の物価高騰対策で令和7年度東京都薬局物価高騰緊急対策支援金も出していて、最大117,000円を追加でもらえます。光熱費高騰に悩む薬局オーナーさんにとってはありがたい制度です。
佐藤
補助金エージェント編集長
次のセクションでは経産省系の補助金を教えてほしいんですが、その前に一つ聞かせてください。GビズIDって必要ですか？
室谷
代表取締役
電子処方箋系は支払基金への申請が中心なのでGビズIDは不要ですが、次に話す経産省系の補助金（デジタル化・AI導入補助金やものづくり補助金）はjGrants経由の申請になるのでGビズIDが必要です。時間がかかるので今のうちに取っておくことをおすすめします！
デジタル化・AI導入補助金で電子薬歴・AI調剤を導入する
佐藤
補助金エージェント編集長
経産省系の補助金、まずどれから見ればいいですか？
室谷
代表取締役
薬局で一番使いやすいのはデジタル化・AI導入補助金2026です。2026年から旧IT導入補助金が名称変更されたやつで、電子薬歴やレセコン連携、AI搭載の調剤支援システムなんかが全部対象になります。
佐藤
補助金エージェント編集長
名前が変わったんですね、知りませんでした！
室谷
代表取締役
そうなんです。AI機能を有するツールが明確化されたのも今回の変更点で、AIを使った服薬指導支援ツールとかオンライン服薬指導システムも対象になりました。薬局との相性がよくなったなと感じています。
佐藤
補助金エージェント編集長
補助率はどうなってるんですか？
室谷
代表取締役
通常枠は補助率1/2、上限450万円。ただし最低賃金近傍の事業者だと補助率が2/3に上がります。電子薬歴とかレセコン連携ソフトで300万円かかったとすると、150万円は返ってくる計算ですね。
佐藤
補助金エージェント編集長
150万円！ でかいですね。
室谷
代表取締役
インボイス枠ならソフトウェアで最大350万円、さらにPCやタブレットなどのハードウェアも一緒に補助対象にできます。新規で電子薬歴システムを一式導入するときはインボイス枠の方が有利なケースも多いです。
佐藤
補助金エージェント編集長
どちらの枠を選ぶかは何で決めればいいですか？
室谷
代表取締役
ざっくり言うと、「ハードウェアも一緒に買う予定があるならインボイス枠、ソフトだけならどちらでもOK」って覚え方でいいですよ。IT導入支援事業者（補助金に対応したベンダー）と相談して決めるのが実務上のセオリーです。
2回目以降の申請に注意
2026年から、直近3年間にIT導入補助金の交付決定を受けた事業者が再度申請する場合は、賃上げに関する事業計画を策定・報告することが新たに求められています。要件を達成できないと補助金を返還しなければならないので、申請前に要件を必ず確認してください。
佐藤
補助金エージェント編集長
なるほど、既に使ったことがある薬局は要注意なんですね。ものづくり補助金はどうでしょうか？
ものづくり補助金で全自動分包機・調剤ロボットを導入する
佐藤
補助金エージェント編集長
薬局でものづくり補助金って使えるんですか？製造業向けのイメージがあって。
室谷
代表取締役
正式名称は「ものづくり・商業・サービス生産性向上促進補助金」なんですよ。サービス業も対象なので薬局も使えます！ 特に全自動分包機や調剤ロボット、AI搭載の散薬調剤システムみたいな高額機器への投資に向いています。
佐藤
補助金エージェント編集長
上限いくらでしたっけ？
室谷
代表取締役
第23次公募で従業員規模別に750万〜2,500万円（1〜5人は750万、6〜20人は1,000万、21〜50人は1,500万、51人以上は2,500万円）、補助率は1/2〜2/3。全自動分包機が300〜600万円くらいするんですが、その半分以上が返ってくるなら投資判断がだいぶ楽になりますよね。
佐藤
補助金エージェント編集長
それは大きい！
室谷
代表取締役
ただ2026年以降は「新事業進出・ものづくり補助金（仮称）」に統合・再編される方向で検討が進んでいるので、制度の動向は注視が必要です。現行のものづくり補助金を使いたいなら、第23次（2026年2月開始）の公募が直近の機会です。
佐藤
補助金エージェント編集長
申請するときのコツはありますか？
室谷
代表取締役
薬局でものづくり補助金を使う場合、事業計画書で「この機械を入れることで生産性が○%上がる」という数値目標を具体的に書くことが大事です。例えば「全自動分包機で調剤時間を30%短縮し、薬剤師が服薬指導に集中できる時間を月○時間増やす」みたいな書き方ですね。
佐藤
補助金エージェント編集長
単に「買いたい」じゃなくて経営改善の文脈で書くんですね。
室谷
代表取締役
そうです。あと第23次から給与支給総額の増加目標が年平均3.5%以上に引き上げられたので、賃上げへの意欲も計画書に盛り込む必要があります。人手不足が深刻な薬局業界なので、「設備投資で生産性を上げて薬剤師への還元を増やす」という文脈は非常に説得力があります。
佐藤
補助金エージェント編集長
なるほど！ 次は在宅医療への対応を考えている薬局向けの補助金も聞かせてもらえますか？
在宅・訪問対応・店舗改装には小規模事業者持続化補助金
佐藤
補助金エージェント編集長
在宅訪問薬剤管理をやりたい薬局さんへの補助金って何がありますか？
室谷
代表取締役
小規模事業者持続化補助金が一番よく使われていますね。在宅訪問に使う車両の改装費用とか、相談スペースの設置とか、健康測定機器の導入とかが対象になります。
佐藤
補助金エージェント編集長
どれくらいもらえるんですか？
室谷
代表取締役
上限250万円、補助率2/3です。たとえば相談ブースの設置に150万円かかるとしたら、100万円が補助される計算ですね。在宅対応の設備投資には使いやすい補助金です。
佐藤
補助金エージェント編集長
「小規模」ってなんか条件厳しそうな名前ですけど。
室谷
代表取締役
従業員数5人以下（宿泊・娯楽・サービス業は20人以下）というのが基本条件です。個人薬局やスモールチェーンなら大抵クリアできますが、大手チェーンは対象外になりますね。あと、商工会や商工会議所のサポートを受けながら申請する必要があるのが少し手間ですが、その分採択率はものづくり補助金より高い印象があります。
佐藤
補助金エージェント編集長
採択率高いんですか？
室谷
代表取締役
持続化補助金は採択率が比較的高い補助金として知られています。ものづくり補助金は21次公募で約34%と採択率が下がってきていて（申請者数1,872件に対して採択638件）、審査が厳しくなっています。小規模な薬局が初めて補助金に挑戦するなら、持続化補助金がハードルとして適切かもしれないですね。
佐藤
補助金エージェント編集長
セルフメディケーション推進とかヘルスケア機器の導入でも使えますか？
室谷
代表取締役
使えますよ！ 健康サポート薬局への転換に必要な設備投資もOKです。血圧計や体脂肪計などの健康測定機器の設置、OTC医薬品の品揃え強化のための棚や什器も対象です。地域の健康拠点としての機能を強化したい薬局さんに向いています。
佐藤
補助金エージェント編集長
なるほど！ 経産省系・厚労省系ときたところで、申請の流れも整理してほしいですね。
薬局が補助金を実際に申請する5つのステップ
佐藤
補助金エージェント編集長
実際に申請するってなるとどこから始めればいいんですか？
室谷
代表取締役
まずGビズIDプライムの取得から始めてください。jGrantsや経産省系の補助金の申請に全部必要で、取得まで2週間程度かかるので、申請したいと思ったときに真っ先に動いてほしいです。
1
GビズIDプライムを取得する（2週間程度。法人印鑑証明書が必要）
2
申請したい補助金の公募要領を入手して対象経費と締切を確認する
3
電子処方箋系は支払基金への申請を先に行い、交付決定通知書を取得する
4
事業計画書を作成する（ものづくり補助金の場合は5〜10ページのA4書類）
5
jGrantsまたは各補助金の専用ポータルから電子申請する（後払いが基本なので資金繰りに注意）
佐藤
補助金エージェント編集長
後払いっていうのはどういうことですか？
室谷
代表取締役
補助金はほとんど後払いなんです。先に自己資金で設備を買って、実績報告を提出して、審査が通ってやっと補助金が振り込まれる。大型の設備投資だと1,000万円以上を先出しすることになるので、運転資金の確保が必要なんですよ。
佐藤
補助金エージェント編集長
それは知らなかった！ 補助金さえ取れれば全部解決みたいに思ってましたが。
室谷
代表取締役
だから私は補助金申請と並行して「つなぎ融資」を使うことをおすすめしています。日本政策金融公庫の融資を組み合わせると、補助金の後払いリスクを軽減できます。この「資金繰りのリスク管理」まで考えている経営者と、そうじゃない経営者とで申請後の満足度がかなり変わってくるんです。
佐藤
補助金エージェント編集長
実務経験ある人の話は違いますね！
申請タイミングの注意点
電子処方箋補助金は「社会保険診療報酬支払基金からの交付決定通知を受けていること」が都道府県補助の申請条件になることが多いです。国の申請→都道府県の申請という順番を守ってください。逆順で動くと都道府県補助が受けられなくなります。
佐藤
補助金エージェント編集長
電子処方箋は支払基金を先にやらないといけない、と。申請サポートってどこに相談できますか？
室谷
代表取締役
相談窓口は補助金の種類によって違うんですよね。下にまとめておきますね。
補助金申請の相談先
- 経産省系（ものづくり・デジタル化・AI導入補助金）: 各都道府県の中小企業診断士または補助金申請専門コンサル、jGrants（https://jgrants.go.jp/）
- 電子処方箋系: 都道府県薬剤師会、地方厚生局、または導入システムベンダー
佐藤
補助金エージェント編集長
電子処方箋は薬剤師会に相談すればいいんですね。
2026年の薬局経営に向けたまとめ
佐藤
補助金エージェント編集長
今日いろいろ教えてもらいましたが、2026年の薬局さんへのメッセージを一言もらえますか？
室谷
代表取締役
電子処方箋の補助期間が延長されているうちに動いてほしい、これに尽きます。まだ1割以下の導入率だから補助金が手厚い。逆に言えば、普及率が上がると補助が縮小されていく可能性が高い。今が一番お得なタイミングなんです。
佐藤
補助金エージェント編集長
先手を打てるかどうかで、5年後の経営が変わってくるってことですね。
室谷
代表取締役
そうですね。電子処方箋→電子薬歴のAI化→在宅医療対応という順番で、少しずつ補助金を使いながらDXを進めていくのが現実的なロードマップです。全部一度にやろうとすると資金も人手も大変なので、まずは電子処方箋から始めて、一つクリアしたら次に進む、という感じで。
佐藤
補助金エージェント編集長
焦らずでもキッチリ進めていくのが大事なんですね。室谷さん、ありがとうございました！
室谷
代表取締役
ありがとうございました！ 何か具体的な補助金の疑問があれば、気軽に相談してみてください（笑）。