東京都の薬局が使える補助金・支援金の全体像
佐藤
補助金エージェント編集長
室谷さん、ちょっと聞いていいですか。東京都内で薬局を開いてる知人から、「補助金ってどれを使えばいいかさっぱりわからない」って連絡きたんですよ。
室谷
代表取締役
ほんとに？（笑）薬局向けの支援制度って、実は東京都に絞ってもかなり種類があるんですよ。国の全国制度と東京都独自の制度が並走してるので、整理してから手をつけないと確かに迷いますよね。
佐藤
補助金エージェント編集長
どこから整理すればいいですか？
室谷
代表取締役
まず大きく2つに分けると、「東京都保健医療局が出してる薬局専用の支援金」と、「中小企業なら薬局でも使えるIT・雇用系の全国補助金」という切り口があります。薬局専用のほうが金額は少ないですけど、要件がシンプルで通りやすい。
佐藤
補助金エージェント編集長
えっ、専用のやつがあるんですね！
室谷
代表取締役
あるんです。令和7年度は「賃上げ支援」と「物価支援」の2本立てになっていて、同じ薬局が両方同時に申請できるんですよ。1〜5店舗の薬局なら、合計で1店舗あたり最大23万円を受け取れる設計になっています。
佐藤
補助金エージェント編集長
23万円！それは大きいですね。
室谷
代表取締役
まあ大きいですよ。しかもスタッフの賃上げとセットで申請するものなので、採用力の維持という経営上の目的と補助金の目的が一致していて使いやすいです。
【東京都独自】薬局向け賃上げ・物価支援事業の詳細
佐藤
補助金エージェント編集長
その東京都独自の支援金、もう少し詳しく教えてもらえますか？
室谷
代表取締役
令和7年度東京都薬局における賃上げ・物価上昇に対する支援事業は、2事業が一体になっています。1つ目が「薬局賃上げ支援事業」、2つ目が「薬局物価支援事業」ですね。
佐藤
補助金エージェント編集長
それぞれ別々に申請するんですか？
室谷
代表取締役
同時申請できます。賃上げ支援のほうは、同一グループの保険薬局数によって金額が変わります。
| グループ内の店舗数 | 賃上げ支援（1店舗あたり） | 物価支援（1店舗あたり） |
|---|---|---|
| 1〜5店舗 | 145,000円 | 85,000円 |
| 6〜19店舗 | 105,000円 | 75,000円 |
| 20店舗以上 | 70,000円 | 50,000円 |
佐藤
補助金エージェント編集長
へえ、店舗数が多いほど1店舗あたりの金額が下がるんですね。
室谷
代表取締役
そうなんです。独立系の1〜5店舗薬局に手厚い設計になっています。チェーンが多い都市部の特性というか、個人経営の薬局をちゃんと支援しようという意図が見えますね。
佐藤
補助金エージェント編集長
要件はどんな感じですか？
室谷
代表取締役
賃上げ支援のほうは、①令和7年4月1日以降に診療報酬請求の実績があること、②申請時点で廃止していないこと、③令和8年6月1日時点でベースアップ評価料を届け出ることを誓約すること、という3点ですね。
佐藤
補助金エージェント編集長
ベースアップ評価料？
室谷
代表取締役
令和8年度の診療報酬改定で見直されるベースアップ評価料のことです。受け取った支援金でスタッフの基本給を上げて、それを令和7年12月から令和8年5月まで継続する、という流れですね。ただし、物価支援のほうはベースアップ評価料の届け出誓約は不要で、要件がもう少しシンプルです。
佐藤
補助金エージェント編集長
同時申請で23万円もらえるなら、早めに動いた方がよさそうですね。
室谷
代表取締役
次回公募の詳細は東京都保健医療局の薬局向けページで確認してください。令和7年度の実績から令和8年度も継続公募が見込まれます。
同時申請で最大23万円/店舗のポイント
- 賃上げ支援（最大145,000円）と物価支援（最大85,000円）は同時申請可
- 1〜5店舗の薬局が有利な設計
- 申請のタイミング: 東京都保健医療局の公式サイトで公募開始時期を事前チェック
- フランチャイズ（FC）契約先もグループ店舗数にカウントされるため、グループ定義を先に確認
【国の補助金】電子処方箋の導入補助金（令和8年9月まで延長）
佐藤
補助金エージェント編集長
次は国の制度ですか？
室谷
代表取締役
そうですね。薬局でまず確認すべきは電子処方箋の導入補助です。医療情報化支援基金（ICT基金）を使った補助で、令和8年9月まで延長が決まっています。
佐藤
補助金エージェント編集長
令和8年9月まで、ということは2026年9月ですね。
室谷
代表取締役
そうです。ただし、薬局については「令和8年9月を延長の最後」とする方針が示されているので、未導入の薬局は今がラストチャンスという認識が必要ですね。
佐藤
補助金エージェント編集長
具体的にいくらもらえるんですか？
室谷
代表取締役
申請区分によって変わります。
| 申請区分 | 補助上限額 |
|---|---|
| 初期導入のみ | 97,000円 |
| 新機能（リフィル処方箋等）の追加 | 64,000円 |
| 初期導入 + 新機能を同時申請 | 138,000円 |
佐藤
補助金エージェント編集長
同時申請するほど上限が大きくなるんですね！
室谷
代表取締役
そうです。「どうせ入れるなら最初から全部入れて138,000円もらう」という選択肢が合理的なことが多い。レセコン連携やICカードリーダーの実費をかなりカバーできます。
佐藤
補助金エージェント編集長
手続きはどこに申請するんですか？
室谷
代表取締役
社会保険診療報酬支払基金のシステムから電子申請します。ただし、補助金の申請前に「電子処方箋管理サービスの運用開始日」を入力しておく必要があるので、導入完了と申請のタイミングを先に把握してから動く方がスムーズです。電子処方箋補助金の詳細はこちらでも確認できます。
電子処方箋補助の注意点
- 交付決定前に機器を購入・工事発注すると補助対象外
- HPKIカード（医師/薬剤師の電子証明書）は院内処方機能では必須ではない
- 申請区分は「初期導入か、追加機能か」で変わるため導入状況を先に確認
【デジタル化・AI導入補助金2026】薬局の業務効率化に
佐藤
補助金エージェント編集長
さっき「中小企業なら薬局でも使える全国補助金」と言ってましたけど、そっちも教えてもらえますか？
室谷
代表取締役
はい。まず一番大きいのが「デジタル化・AI導入補助金2026」ですね。旧IT導入補助金から令和7年度補正予算で名称変更されたやつです。
佐藤
補助金エージェント編集長
名前が変わったんですね。薬局でも使えるんですか？
室谷
代表取締役
医療・介護・保育など「サービス業」に分類される薬局は対象になります。電子薬歴システムや自動分包機の管理ソフト、調剤レセコンの更新など、ITツールの導入費用に使えます。
佐藤
補助金エージェント編集長
いくらまで補助されますか？
室谷
代表取締役
通常枠は最大350万円で、補助率は1/2〜2/3。「スマート薬歴」とか「GooCo DX」みたいな電子薬歴製品も登録されていて、それ経由なら使いやすいですよ。
佐藤
補助金エージェント編集長
事前準備が必要ですか？
室谷
代表取締役
GビズIDプライムの取得が必須です。取得に2〜3週間かかるので、補助金の公募開始を待ってから動くと間に合わないことがある。補助金と関係なく先に取っておくのが鉄則ですね。
佐藤
補助金エージェント編集長
なるほど、先手が大事なんですね。
室谷
代表取締役
もう一つ、SECURITY ACTION（セキュリティ対策の自己宣言）も申請要件なので合わせて準備を。どちらも無料でできます。
小規模事業者持続化補助金【第19回】
佐藤
補助金エージェント編集長
他にも薬局で使えるのはどんな補助金がありますか？
室谷
代表取締役
小規模事業者持続化補助金の第19回が令和8年4月30日を申請締切として受付中ですよ。
佐藤
補助金エージェント編集長
小規模事業者持続化補助金！聞いたことありますが、薬局でも使えますか？
室谷
代表取締役
使えます。薬局の販路開拓や業務効率化が目的なら対象になります。たとえば待合室のデジタルサイネージ導入、ウェブサイトの作成・改修、在庫管理システムの導入あたりが代表的な活用例ですね。
佐藤
補助金エージェント編集長
補助額はどれくらいですか？
室谷
代表取締役
通常枠で補助上限50万円・補助率2/3。ただし「創業型」は200万円まで上がります。薬局を開設して間もない方は創業型が有利かもしれない。
佐藤
補助金エージェント編集長
申請は難しいですか？
室谷
代表取締役
経営計画書と補助事業計画書を書く必要がありますが、商工会議所の窓口で無料相談を受けられます。「東京都中小企業振興公社」や各区の商工会議所も使えるので、まずそちらに相談するのが近道ですよ。小規模事業者持続化補助金の詳細はこちらで確認できます。
業務改善助成金（賃上げ×設備投資）
佐藤
補助金エージェント編集長
もっとありますか？（笑
室谷
代表取締役
ありますよ（笑。「業務改善助成金」も見逃せないです。最低賃金の引上げと設備投資をセットで行う薬局に対して、設備投資費用の一部を助成する制度ですね。厚生労働省が運営しています。
佐藤
補助金エージェント編集長
どんな設備投資が対象ですか？
室谷
代表取締役
自動分包機・調剤ロボット・在庫管理システムなどの機械設備導入、コンサルティング費用も含まれます。令和8年度分の申請受付は令和8年9月1日開始予定です。
佐藤
補助金エージェント編集長
補助額はどれくらいですか？
室谷
代表取締役
賃金引上げ額とスタッフ数によって変わるんですが、最大600万円。助成率は事業場内の最低賃金水準によって3/4〜9/10まで幅があります。中小薬局の場合は9/10の高助成率になるケースも多くて、設備費の大部分をカバーできる制度ですよ。
佐藤
補助金エージェント編集長
設備投資と賃上げを同時に進めるつもりなら、かなり使えそうですね。
室谷
代表取締役
そうなんですよ。「スタッフの賃金を上げたい」と「調剤業務を自動化したい」が重なる薬局には特にマッチします。業務改善助成金の詳細はこちらを参考にしてください。
業務改善助成金の重要ポイント
- 設備投資・工事は交付決定通知を受け取ってから発注すること（事前発注は対象外）
- 従業員がいない一人薬剤師経営の薬局は対象外
- 令和8年度分の申請受付開始は令和8年9月1日（詳細は厚生労働省公式サイトで確認）
キャリアアップ助成金・人材確保等支援助成金・その他の雇用系補助金
佐藤
補助金エージェント編集長
雇用系の助成金って薬局でも使えますか？
室谷
代表取締役
使えます。薬局は人手不足が深刻なので、むしろ雇用助成金と相性がいい業種なんですよ。
佐藤
補助金エージェント編集長
どんなものがありますか？
室谷
代表取締役
まず「キャリアアップ助成金」です。パート薬剤師や事務スタッフを正社員化するときに、1人あたり最大80万円（障害者は最大120万円）助成されます。次に「人材確保等支援助成金」は採用・定着を目的とした制度で、離職率の改善目標を設定して達成すると助成が受けられます。
佐藤
補助金エージェント編集長
他にも雇用系はありますか？
室谷
代表取締役
あります。「両立支援等助成金」はスタッフが育休・介護休業を取りやすい職場環境を整えると受け取れます。薬局の女性スタッフ比率は高いので活用できるケースが多い。それから「職場定着支援助成金」という、離職率が高い職場の環境改善を支援する制度もありますね。
佐藤
補助金エージェント編集長
薬局の採用コストって高いですよね。
室谷
代表取締役
薬剤師の採用費用は1人数十万〜100万円超えることもあります。そこにキャリアアップ助成金を組み合わせると、コスト圧縮になる。ただしいずれも申請と事前届け出のタイミングが厳しいので、採用を決めた時点で社労士さんに確認するのが安全策ですね。詳しくは厚生労働省のキャリアアップ助成金ページを参照してください。
省力化投資補助金（中小企業省力化投資補助事業）
佐藤
補助金エージェント編集長
調剤ロボットとか薬剤の自動払出し機とか、ああいった設備って補助対象になりますか？
室谷
代表取締役
なりますよ！「省力化投資補助金」の対象製品カタログに調剤・医療関連の自動化機器が登録されているケースがあります。中小企業の人手不足解消を目的とした経済産業省の制度で、製品カタログから選んで申請するという流れです。
佐藤
補助金エージェント編集長
補助額はどれくらいですか？
室谷
代表取締役
最大1,500万円で、補助率は1/2です。小規模事業者だと2/3に上がります。調剤ロボット・自動分包機・錠剤カウンター等、省人化につながる設備なら対象になる可能性があります。
佐藤
補助金エージェント編集長
大きいですね！
室谷
代表取締役
調剤ロボットは数百万〜1,000万円超のものもあるので、補助金でコストを半分に抑えられるなら導入の意思決定がしやすくなりますよ。製品カタログは中小企業庁の公式サイトで確認してください。省力化投資補助金の詳細はこちらからどうぞ。
東京都創業助成金・東京都融資制度
佐藤
補助金エージェント編集長
新しく薬局を開業する場合や、規模を拡大する場合はどうですか？
室谷
代表取締役
開業・拡大フェーズでは、東京都の「創業助成金」が使えるケースがあります。東京都中小企業振興公社が運営していて、都内での新規開業に際した経費（設備費・広告費等）を最大400万円助成してくれます（下限100万円）。助成率は2/3以内です。
佐藤
補助金エージェント編集長
薬局開業に使えるんですね！
室谷
代表取締役
対象になれますよ。ただし雇用意欲があることや、各種創業支援セミナーへの参加が要件になっているので、事前に振興公社に相談するのが確実です。
佐藤
補助金エージェント編集長
他にも創業系はありますか？
室谷
代表取締役
「ものづくり・商業・サービス生産性向上促進補助金（ものづくり補助金）」も薬局で使える全国制度です。新たなサービス開発や設備投資が目的で、補助上限は1,000万円（従業員6〜20人の場合・22次公募。従業員数によって金額が変動します）。補助率は1/2で、賃上げ要件を満たすと2/3に引き上がります。オンライン服薬指導サービスの構築やAI問診導入などが採択事例に含まれます。ものづくり補助金の詳細はこちらで確認できます。
佐藤
補助金エージェント編集長
ものづくり補助金って製造業だけかと思っていました。
室谷
代表取締役
よく誤解されますが、サービス業・医療・介護業も対象になります。薬局の「在宅薬剤管理サービスの強化」「セルフメディケーション支援コーナーの新設」なども採択実績があります。「東京都内に事業所がある中小企業・小規模事業者」であれば申請できますよ。
佐藤
補助金エージェント編集長
これ全部合わせると、薬局って本当に使える補助金が多いんですね。
室谷
代表取締役
そうなんですよ。医療系の業種特化補助金（東京都の賃上げ・物価支援・電子処方箋補助）＋中小企業向け汎用補助金（デジタル化・ものづくり・省力化投資）＋雇用系助成金という3層構造で取れる制度が多い。全部の公募に対応するのは現実的じゃないので、「今の自社の課題」を先に明確にして、そこに一番合う補助金から優先順位をつけるのが賢いやり方ですね。
補助金を重ねて使う「併用戦略」
佐藤
補助金エージェント編集長
これ、複数を同時に使えるんですか？
室谷
代表取締役
補助金ごとに「他制度との重複申請禁止」の要件が異なるので一概には言えないんですが、基本的に対象経費が重複しなければ複数制度を同時期に申請することはできます。
佐藤
補助金エージェント編集長
どんな組み合わせが現実的ですか？
室谷
代表取締役
よくある組み合わせをまとめると、こんな感じになります。
| 目的 | 推奨組み合わせ |
|---|---|
| 電子薬歴+電子処方箋の導入 | 電子処方箋補助 + デジタル化・AI導入補助金2026 |
| 賃上げ+設備投資 | 東京都賃上げ支援事業 + 業務改善助成金 |
| 開業・販路拡大 | 小規模事業者持続化補助金 + キャリアアップ助成金 |
佐藤
補助金エージェント編集長
電子処方箋補助とデジタル化補助の両方を使うってできるんですか？
室谷
代表取締役
対象経費が異なれば可能です。電子処方箋補助は電子処方箋管理サービスの接続費用、デジタル化補助はその他のITツール全般という切り分けができます。ただし各公募要領で必ず確認してください。
佐藤
補助金エージェント編集長
それはプロに確認した方がいいですね（笑
室谷
代表取締役
そうですね（笑。特に複数を同時進行するときは、中小企業診断士や補助金専門のコンサルに相談するのがリスク管理として正解だと思います。
申請の流れと東京都の相談窓口
佐藤
補助金エージェント編集長
では実際に申請するときの流れを教えてもらえますか？
室谷
代表取締役
まず全国共通で事前準備しておくべきことが2つあります。GビズIDプライムの取得と、SECURITY ACTIONの宣言です。これが済んでいないと多くの補助金に申請できません。
1
GビズIDプライムを取得する（GビズIDホームページから申請、審査に2〜3週間）
2
SECURITY ACTION を宣言する（IPAのサイトから無料で完了）
3
公募要領を確認する（東京都保健医療局・各省庁の公式サイトで最新版を確認）
4
申請書類を準備する（直近2期分の決算書・賃金台帳・機器の見積書 等）
5
電子申請する（Jグランツ・各申請システム・都の申請フォームから）
佐藤
補助金エージェント編集長
相談できる窓口ってありますか？
室谷
代表取締役
東京都内だと以下の窓口が使えます。東京都中小企業振興公社、各区の商工会・商工会議所、そして東京都薬剤師会の会員向け情報提供も充実しています。薬局向けの補助金は専門性が高いので、業界団体経由の情報が一番早く、精度も高いですよ。
佐藤
補助金エージェント編集長
東京都薬剤師会！それは盲点でした。
室谷
代表取締役
会員の薬局向けに補助金の公募開始通知を出してくれたりするので、入っていれば情報取得コストが下がります。特に都独自の賃上げ・物価支援は公募期間が短いケースがあるので、告知ルートを先に確保しておくのが重要ですよ。
佐藤
補助金エージェント編集長
なるほど、情報を取るための準備が大事なんですね。
室谷
代表取締役
そうです。補助金は「気づいた時には締め切ってた」がよくある失敗パターン。ウォッチリストに入れておいて、公募開始と同時に動ける状態にしておくのが理想ですね。東京都の薬局向け補助金一覧はこちらのページでも確認できます。
相談窓口まとめ
- 東京都薬剤師会: 会員向け補助金情報通知、薬局経営相談
- 東京都中小企業振興公社: 中小企業向け補助金全般の相談
- 各区の商工会・商工会議所: 小規模事業者持続化補助金の申請サポート
- 社会保険労務士: 雇用・助成金系の申請（キャリアアップ助成金等）
- 中小企業診断士: 複数補助金の組み合わせ戦略の相談
佐藤
補助金エージェント編集長
今日は本当に詳しく教えてもらってありがとうございました！思ったより制度がたくさんあって驚きました。
室谷
代表取締役
薬局は制度的に手厚い業種なんですよ。医療提供体制の維持という政策目標があるので、都独自の支援も手厚い。ぜひ東京都の他の地域の補助金情報も合わせてチェックしてみてください。都道府県別の補助金一覧はこちらからどうぞ。