「仕入控除税額報告」って何の報告？
このフォームは何のためにある？
佐藤
編集長
「×令和６年度勤務環境改善医師派遣等推進事業【仕入控除税額報告】」……室谷さん、この名前、長すぎませんか。
室谷
代表取締役
（笑）長いですね。でも分解すると分かりやすいんです。前半が制度の名前で、後半の【仕入控除税額報告】が「今回出す書類の種類」を表しています。
佐藤
編集長
書類の種類？ 新しい補助金の申請とは違うんですか。
室谷
代表取締役
そこが最初のつまずきポイントです。この申請フォームは仕入控除税額報告用なんです。制度に採択されて補助金を受け取った医療機関が、あとから出す報告のためのフォームですね。
佐藤
編集長
なるほど、スタートではなくゴール側の手続きなんだ。これから補助金をもらいたい人が最初に開くページではないんですね。
室谷
代表取締役
そうなんです。とはいえ、この報告を理解するには制度本体の知識が欠かせません。ここではまず「何の報告なのか」をはっきりさせていきます。
なぜ医師派遣の話と消費税がつながるの？
佐藤
編集長
医師派遣と消費税って、つながりが見えないんですけど。
室谷
代表取締役
つながるんですよ。補助金で買い物をすると、消費税の扱いが普通の商売と変わるんです。一次情報として示されている説明を借りると、企業が税務署に納める消費税は、売上で預かった消費税から、仕入れで支払った消費税を差し引いて計算します。この差し引く金額を仕入控除税額と呼びます。
佐藤
編集長
二重に納めないための仕組みですね。言葉は聞いたことがありました。
室谷
代表取締役
ところが補助金は、預かり消費税が生じないお金です。補助金で仕入れた分の消費税を控除すると、実質的に消費税ゼロの仕入れになってしまう。だからその分を報告しましょう、というのがこの手続きの意味です。
佐藤
編集長
えっ、じゃあ返さなきゃいけないこともあるんですか。
室谷
代表取締役
東京都の制度では、確認のあと必要に応じて返還手続きを行う流れが示されています。金額の細かい考え方は公募要領と交付要綱で要確認ですが、「報告して終わり」ではなく「確認されて終わり」だと思っておくといいですよ。
報告の対象になるのは誰？
佐藤
編集長
で、誰がこの報告を出すんですか。
室谷
代表取締役
令和6年度の本事業の補助金をすでに受領していて、補助事業に係る経費について消費税の仕入税額控除を行った事業者です。実施要綱と交付要綱に定める報告義務を負う場合、という整理もされています。
佐藤
編集長
受領済み、かつ仕入税額控除をした、と。どちらか片方では対象外なんですね。
室谷
代表取締役
そういうことです。ここを曖昧にしたまま「うちは関係ない」と判断するのが一番危ない。次のセクションで、本体の制度がどんなものかを見ておきましょう。
勤務環境改善医師派遣等推進事業ってどんな制度？
長時間労働を「派遣」でほどく
佐藤
編集長
本体の制度を教えてください。ひと言でいうと何なんですか。
室谷
代表取締役
長時間労働の医療機関に医師を派遣する側の医療機関等の運営を支援して、派遣先の医師の時間外・休日労働時間を短縮し、あわせて地域医療提供体制を確保する。これが本事業の目的です。
佐藤
編集長
派遣する側を応援するんですね。てっきり「人が足りない病院」を助ける制度かと思っていました。
室谷
代表取締役
そこが面白いところで、補助の対象は派遣元と説明されています。派遣するとなると、代替の医師を確保したり、調整業務が増えたり、派遣元にもコストがかかる。そこを支えることで派遣が進む、という設計ですね。
佐藤
編集長
なるほど！ 派遣元の負担を軽くするのがミソなんだ。ここでは制度の狙いを押さえていきます。
派遣元を支えると派遣が進む
佐藤
編集長
派遣元にとって、具体的に何が助かるんですか。
室谷
代表取締役
派遣に伴う追加コストです。代替医師の確保、調整業務、交通費や宿泊費といった実費。これらが補助の対象経費として整理されています。補助率は原則10/10、つまり全額です。
佐藤
編集長
全額！ それは強いですね。
室谷
代表取締役
資産形成経費だけ9/10になりますが、それでも相当手厚い設計です。派遣元の財務負担を大きく軽くする。派遣元にメリットがあるから、医師派遣という仕組みが回りやすくなるわけです。
佐藤
編集長
コストが理由で派遣をためらう状況を減らす狙いですね。制度の全体像を図で見ておきたいです。
派遣する側を支援
医師派遣等を行う医療機関等の運営を補助する
長時間労働の解消
派遣先の医師の時間外・休日労働時間を短縮する
原則10/10の全額補助
資産形成経費のみ9/10
地域医療の維持
地域医療提供体制の確保も目的に含む
地域医療を守るという視点
佐藤
編集長
東京都でこの制度が動いている理由は何でしょう。
室谷
代表取締役
地域において重要な役割を担う医療機関の医師の労働時間を短縮しながら、地域の医療提供体制そのものは維持しなければならない。この難問に、医師派遣という仕組みでアプローチするのが本事業です。
佐藤
編集長
一人の医師や一つの病院の努力だけでは限界がありますもんね。
室谷
代表取締役
派遣元と派遣先が連携して、点ではなく面で働き方改革を進める。対象地域は東京都、対象業種は医療、福祉です。次は、いちばん気になる金額の話を確認しましょう。
いくらもらえる？補助率と上限をチェック！
原則は10/10の全額補助
佐藤
編集長
金額の話です。ここは表で整理してもらえますか。
| 区分 | 補助率 |
|---|---|
| 通常の対象経費 | 10/10（全額） |
| 資産形成経費 | 9/10 |
室谷
代表取締役
基本情報ではこの2本立てです。分母と分子が同じ「10/10」は、全額補助という意味になります。制度上の原則は全額、と押さえてください。
佐藤
編集長
ほんとに？ じゃあ持ち出しはゼロですか。
室谷
代表取締役
そこは注意が必要です。対象になる経費の範囲が決まっていて、対象外の経費は自分たちの負担になります。あくまで対象経費の中の話です。
佐藤
編集長
なるほど、勝負は「対象に入るかどうか」ですね。この区分の違いも気になります。
資産形成経費だけ9/10になる理由
佐藤
編集長
資産形成経費って何のことですか。
室谷
代表取締役
遠隔医療支援システム、派遣管理用ICT設備、オンライン診療支援設備といった設備系が「設備費（資産形成経費）」として整理されています。形に残る資産は補助率が9/10と、少しだけ自己負担が残るんですね。
佐藤
編集長
1割は自分持ち、と。そこの理由はどこに書いてあるんですか。
室谷
代表取締役
詳しい考え方は交付要綱で要確認ですが、報告の実務では「この経費は資産形成経費かどうか」で区分の扱いが変わってきます。最初にラベルを貼っておくと、あとの作業がラクになりますよ。
佐藤
編集長
経費の仕分けを先にやっておく、ということですね。次に上限を聞きたいです。
補助上限額はいくら？
佐藤
編集長
上限は？ いちばん気になるところなんですけど。
室谷
代表取締役
提示されている基本情報では、補助上限額は「—」、つまりこの一覧では上限額が示されていません。
佐藤
編集長
えっ、じゃあ無限！？
室谷
代表取締役
それは飛躍しすぎです（笑）。上限の有無や金額は公募要領で要確認、というのが正確なところです。ここで想像で数字を書くと、あとで痛い目を見ますからね。
佐藤
編集長
了解です！ 要確認リストに入れておきます。じゃあ次は、誰が対象なのかを見ていきましょう。
誰が申請できる？対象者と要件
対象は「派遣する側」の医療機関
佐藤
編集長
対象者は誰ですか。ここも丁寧にいきたいです。
室谷
代表取締役
医師派遣等を行う医療機関、つまり派遣元です。加えて、東京都内で地域医療に重要な役割を担う医療機関、長時間労働医師が所属する医療機関と連携する組織も、対象の整理に含まれています。
佐藤
編集長
派遣先は直接の対象じゃない、と。
室谷
代表取締役
そうですね。派遣先は派遣された医師を受け入れることで間接的に恩恵を受けますが、補助の対象は派遣元です。ここを逆に覚えてしまうと、書類の準備が全部ずれますから注意してください。
佐藤
編集長
最初に押さえておいてよかった。派遣先の立場だと、何もしなくていいんでしょうか。
派遣先は何もしなくていいの？
室谷
代表取締役
そうとも言い切れないんです。実績報告などの場面で、派遣先の情報が必要になると整理されています。また、他県の一次情報には、派遣の申請にあたって相手側医療機関の時短計画の提出が必要になる、という記載も見られます。
佐藤
編集長
へえ、片方だけでは完結しないんですね。
室谷
代表取締役
はい。そして仕入控除税額報告の対象者は、令和6年度の補助金をすでに受領した医療機関等で、確定申告で仕入税額控除を行った事業者です。制度本体の対象者とは少し違うので、分けて覚えておきましょう。
佐藤
編集長
制度の対象者と、報告の対象者。二段階あるんですね。分岐を図で整理してもらえますか。
医師派遣等を行う側（派遣元）の医療機関ですか？
はい
本事業の対象になり得る
補助金受領後は仕入控除税額報告の対象にもなる
いいえ
派遣先は直接の補助対象ではない
実績報告などで情報連携が必要になる場面がある
東京都の医療・福祉、従業員数の制約なし
佐藤
編集長
従業員数の縛りはありますか。小さいところだと心配で。
室谷
代表取締役
基本情報では従業員数の制約なしです。対象地域は東京都、対象業種は医療、福祉、複数申請も可と整理されています。
佐藤
編集長
小さいクリニックでも入り口には立てるんですね。
室谷
代表取締役
ただし、制度の対象になり得るという話と、実際に採択されるかは別です。要件の細部は実施要綱と交付要綱による、と公式に明記されていますので、そこは要確認です。
佐藤
編集長
なるほど、次は「何に使えるか」を掘り下げたいです。
何に使える？対象経費と対象外経費
医師派遣にまつわる経費が中心
佐藤
編集長
具体的にどの経費が対象なんですか。
室谷
代表取締役
大きく分けると、医師派遣関連経費、代替要員確保費、運営体制整備費、研修・教育費、そして設備費（資産形成経費）の5つです。
佐藤
編集長
交通費とか宿泊費も入るんですか。
室谷
代表取締役
入ります。派遣医師の交通費・旅費、宿泊費、派遣調整コーディネート費、派遣先との連絡調整費が「医師派遣関連経費」として整理されています。地味ですが、件数が増えるとそこそこ積み上がるやつですね。
佐藤
編集長
調整業務って見えにくいコストですもんね。他のカテゴリも聞きたいです。
代替要員・運営体制・研修・設備
室谷
代表取締役
代替要員確保費は、代替医師の確保に係る費用、非常勤医師の雇用費、外部医療人材紹介費。運営体制整備費は、派遣管理システム導入費、派遣計画策定に係るコンサルティング費、事務局運営費です。
佐藤
編集長
事務局運営費まで入るんですね。そこが助かる病院は多そう。
室谷
代表取締役
研修・教育費としては、派遣医師向け事前研修費、受入先施設に関する情報提供資料作成費、派遣後の振り返り研修費が挙がっています。設備なら、遠隔医療支援システム、派遣管理用ICT設備、オンライン診療支援設備ですね。
佐藤
編集長
なるほど！ 経費の全体像を、入るもの／入らないもので並べて見たいです。
メリット
- 派遣医師の交通費・旅費
- 派遣医師の宿泊費
- 派遣調整コーディネート費
- 派遣先との連絡調整費
- 代替医師の確保に係る費用
- 非常勤医師の雇用費
- 外部医療人材紹介費
- 派遣管理システム導入費
- 派遣計画策定に係るコンサルティング費
- 事務局運営費
- 派遣医師向け事前研修費
- 受入先施設に関する情報提供資料作成費
- 派遣後の振り返り研修費
- 遠隔医療支援システム
- 派遣管理用ICT設備
- オンライン診療支援設備
×デメリット
- 派遣医師の通常の給与・賞与
- 医療機関の経常的な運営費
- 診療報酬で賄われるべき経費
- 土地・建物の取得費
- 飲食・接待に係る費用
- 事業に直接関係しない経費
- 他の補助金で賄われている経費
- 消費税の仕入税額控除対象額
対象外の経費はここ
佐藤
編集長
逆に、これはダメというものは？
室谷
代表取締役
派遣医師の通常の給与・賞与、医療機関の経常的な運営費、診療報酬で賄われるべき経費、土地・建物の取得費、飲食・接待に係る費用です。さらに、事業に直接関係しない経費、他の補助金で賄われている経費、そして消費税の仕入税額控除対象額も対象外です。
佐藤
編集長
消費税の仕入税額控除対象額が対象外……ここがこの報告手続きにつながるんですね。
室谷
代表取締役
まさにそこです。対象経費から消費税の仕入控除分を除いた形で精算し、その控除額を報告する。ここを混ぜてしまうと計算がぐちゃぐちゃになります。次は実務の進め方を順番に見ていきましょう。
仕入控除税額報告の実務、どう進める？
令和6年度の対象経費を洗い出す
佐藤
編集長
実務って、何から手をつけるんですか。
室谷
代表取締役
ステップ1は、令和6年度の補助対象経費の確認です。医師派遣に関連する経費の明細を整理します。ここが全部の土台になります。
佐藤
編集長
明細を見ながら「これ対象かな？」を一つずつやっていくイメージですね。
室谷
代表取締役
はい。ステップ2は消費税の処理状況の確認です。人件費は消費税の対象外ですが、外部委託費や設備費などは課税取引になる場合があります。
佐藤
編集長
給与は消費税がかからない、というのがまず基本なんですね。ここから計算が始まるんだ。
課税取引と非課税取引を分ける
室谷
代表取締役
そのとおりです。医師派遣事業は人件費の比率が高いので、仕入控除税額そのものは、設備投資が中心の事業と比べて小額になりやすい傾向があります。
佐藤
編集長
えっ、少ないんですか。なんだか拍子抜けというか（笑）。
室谷
代表取締役
（笑）でも、交通費、宿泊費、外部コンサルティング費、システム利用料など、課税取引も混ざっています。ゼロではないので、正確に拾う必要があります。
佐藤
編集長
ゼロだと思い込んで放置するのが一番危ないですね。按分の話も聞いておきたいです。
按分計算と報告書づくり
室谷
代表取締役
ステップ3が仕入控除税額の算定です。医療機関は非課税売上が大きいので、課税売上割合に基づく按分計算が必要になります。
佐藤
編集長
按分、いちばん苦手なやつだ……。
室谷
代表取締役
個別対応方式を採っている場合は、各経費が課税売上対応・非課税売上対応・共通対応のどれに当たるかを判断することになります。税区分の判断は、税理士さんと一緒に詰めるのが現実的ですよ。
佐藤
編集長
なるほど。そこまでやって、ステップ4の報告書作成ですね。次は提出までの流れを確認したいです。
報告の流れとスケジュールを確認！
5つのステップで整理する
- 1令和6年度の対象経費を確認派遣関連経費の明細を整理する
- 2消費税の処理状況を確認人件費は対象外、外部委託費などは課税取引になり得る
- 3仕入控除税額を算定課税売上割合に基づく按分計算を行う
- 4報告書を作成jGrantsまたは所定の書式で作成する
- 5提出と確認対応東京都の確認後、必要に応じて返還手続き
佐藤
編集長
図にすると流れが頭に入りますね。ステップ4の「所定の書式」というのは？
室谷
代表取締役
報告書の作成は、jGrantsまたは所定の書式で行う、と整理されています。事業ごとに報告書の様式が定められている例もあるので、まず窓口に様式を確認するのが早いです。
佐藤
編集長
ダウンロードしてから書き始める、と。ステップ5の確認・精算まで含めてワンセットなんですね。
室谷
代表取締役
そうですね。東京都の確認後に、必要に応じて返還手続きが行われます。ここまで見据えて、根拠資料をそろえておきましょう。
提出先と問い合わせ窓口
佐藤
編集長
提出先を教えてください。
室谷
代表取締役
東京都保健医療局 医療政策部 医療人材課 人材計画担当です。窓口の情報を表にまとめておきますね。
| 項目 | 内容 |
|---|---|
| 担当 | 東京都保健医療局 医療政策部 医療人材課 人材計画担当（山家） |
| 郵送先 | 〒163-8001 新宿区西新宿二丁目8番1号 |
| メール | S1150404@section.metro.tokyo.jp |
| 電話 | 03-5320-4441（直通） |
佐藤
編集長
直通番号があるのはありがたい。電話するときの第一声は？
室谷
代表取締役
制度名が長いので、「令和6年度の勤務環境改善医師派遣等推進事業の仕入控除税額報告の件で」と最初に伝えるとスムーズですよ。
佐藤
編集長
なるほど！ メモしました。提出方法の細かいところも気になります。
電子申請まわりの注意点
佐藤
編集長
提出はjGrantsからですか。
室谷
代表取締役
公式の申請フォームはjGrantsのページに用意されています。ログインが必要かどうかや取得方法、操作手順の細部は、jGrantsの案内と公募要領で要確認としてください。
佐藤
編集長
ここは断定しないでおくんですね。
室谷
代表取締役
そう、慎重に（笑）。分からないことは窓口に電話するのが一番早いです。連絡先はさっきのとおりですから、迷ったら聞いてしまいましょう。
佐藤
編集長
了解です！ 次は、確認で見られるところと落とし穴を教えてください。
審査・確認のポイントと落とし穴
過大報告も過少報告もNG
佐藤
編集長
報告で気をつけることを、要点として教えてください。
室谷
代表取締役
課税取引に該当する経費を正確に特定して、過大にも過少にもならないようにすること。これに尽きます。交通費、宿泊費、外部委託費、システム費用あたりは漏れやすいところです。
佐藤
編集長
見落とすと過少、盛ると過大。どっちもダメなんですね。
室谷
代表取締役
はい。あともう一つ大事なのが、消費税の確定申告のスケジュールと合わせて動くことです。報告は申告の後に行う手続きなので、申告が終わってから資料を探し始めると間に合いません。
佐藤
編集長
逆算して動け、と。併用のルールも聞いておきたいです。
併用するときのルール
佐藤
編集長
他の補助金と一緒に使えますか。
室谷
代表取締役
本事業は東京都保健医療局が実施する独立した補助金です。同じ東京都の病院勤務者勤務環境改善事業、救急医療体制強化事業、地域医療勤務環境改善体制整備事業とは対象経費が異なるため、それぞれの要件の範囲内で併用が可能と整理されています。
佐藤
編集長
じゃあ、同じ経費で二重に受け取ることも？
室谷
代表取締役
いえ、同一経費への二重補助は認められていません。事業ごとに経費区分を明確にする必要があります。ここを曖昧にしたまま報告すると、あとで説明に苦しみますよ。
佐藤
編集長
経費の色分け、地味だけど超大事ですね。次は、日付の全体像を確認しましょう。
受付期間と事業完了期限をおさらい
受付期間は2025年10月29日から2026年10月30日
- 2025年10月29日受付開始仕入控除税額報告の受付が始まる
- 2026年3月31日事業完了期限事業そのものを終える期限
- 2026年10月30日受付終了受付期間の終わり
佐藤
編集長
日程を整理してください。
室谷
代表取締役
受付期間は2025年10月29日から2026年10月30日まで。事業完了期限は2026年3月31日です。
佐藤
編集長
受付の終わりより、事業の終わりのほうが先なんですね。なんだか不思議な感じがします。
室谷
代表取締役
年度の枠の中で事業を終わらせて、そのあとに精算と報告が続く、という流れですね。受付期間が長めなのは、報告のタイミングが事業者ごとに違うからだと考えられます。
佐藤
編集長
自分の申告のタイミングと重ねて、カレンダーに書き込んでおきます。報告期限の考え方も聞きたいです。
報告期限は公募要領で要確認
佐藤
編集長
報告はいつまでに出すんですか。
室谷
代表取締役
一次情報の中には、報告受付期間を2025年10月29日から2026年3月31日とする記述もあります。基本情報の受付期間の終わりとは違うので、正確な期限は公募要領で要確認としてください。
佐藤
編集長
うーん、ここは絶対に窓口に確認したほうがよさそうですね。
室谷
代表取締役
そうですね。期限を過ぎてから「知らなかった」では済まない手続きですから、早めに確認して、期限の1か月前には動き出せるようにしておきましょう。
佐藤
編集長
では最後に、基本情報のおさらいとよくある質問をまとめましょう。
基本情報のおさらいとよくある質問
まずは基本情報を一枚に
| 項目 | 内容 |
|---|---|
| 制度名 | ×令和６年度勤務環境改善医師派遣等推進事業【仕入控除税額報告】 |
| 実施機関 | 東京都保健医療局（勤務環境改善医師派遣等推進事業） |
| 補助率 | 10/10（資産形成経費は9/10） |
| 補助上限額 | この情報では示されていない（公募要領で要確認） |
| 受付期間 | 2025年10月29日〜2026年10月30日 |
| 事業完了期限 | 2026年3月31日 |
| 対象地域 | 東京都 |
| 対象業種 | 医療、福祉 |
| 従業員数 | 制約なし |
| 複数申請 | 可 |
| 公式URL | https://www.jgrants-portal.go.jp/subsidy/a0WJ200000CDWQkMAP |
佐藤
編集長
これ1枚あると助かります。
室谷
代表取締役
受付期間と事業完了期限の順番が独特なので、そこだけ線を引いておくといいですよ。
佐藤
編集長
メモします。じゃあ、よくある質問をお願いします。
派遣先でも報告は必要？
佐藤
編集長
派遣先の立場でも、この報告は必要ですか。
室谷
代表取締役
補助金を受領したのは派遣元なので、補助金に係る仕入控除税額報告の主体は、補助金を受けた医療機関等です。ただし、実績報告などで派遣先の情報が必要になる場面があると整理されていますから、連携は取っておきましょう。
佐藤
編集長
自分が報告する側かどうか、まず確認ですね。
室谷
代表取締役
そうです。そのうえで、派遣元と派遣先で数字の突合ができるようにしておくと安心です。
人件費だけなら報告は不要？
佐藤
編集長
人件費しか使っていない場合でも、報告が要りますか。
室谷
代表取締役
人件費は消費税の対象外なので、それだけなら仕入控除税額は出ません。ただし、課税取引が混ざっているかどうかで話が変わります。判断に迷ったら窓口に確認するのが確実です。
佐藤
編集長
自己判断で「たぶんゼロ」は危ないですね。
室谷
代表取締役
危ないです（笑）。交通費も宿泊費も課税取引になり得ますから、明細を一度全部眺めてみてください。
提出したあとはどうなる？
佐藤
編集長
出したら終わりですか。
室谷
代表取締役
東京都による確認のあと、必要に応じて返還手続きが行われます。報告書はjGrantsまたは所定の書式で作成し、東京都保健医療局医療政策部医療人材課に提出する、というのが手順の整理です。
佐藤
編集長
確認が入る前提で、根拠資料をそろえておくべきですね。請求書の写しとか。
室谷
代表取締役
そうですね。あとから説明できる状態にしておくのが、いちばんの安全策です。