難病指定医療機関の電子化対応を東京都が支援!

佐藤

佐藤

補助金エージェント編集長

室谷さん、今日は「東京都臨床調査個人票電子化等推進事業補助金」について聞いていいですか? 名前が長くてちょっと難しそうなんですけど、どんな補助金なんです?
室谷

室谷

代表取締役

これ、東京都内の病院や診療所向けに特化した珍しい補助金なんですよ! 難病の患者さんを診ている「難病指定医療機関」が対象で、臨床調査個人票をオンラインで提出できるように設備を整えるための費用を東京都が補助してくれます。
佐藤

佐藤

補助金エージェント編集長

臨床調査個人票ってなんですか?
室谷

室谷

代表取締役

難病の患者さんが医療費助成を受けるとき、担当の医師が記入する診断書みたいな書類です。患者さんの病気の状態、治療内容、検査結果などを記録するもので、難病医療費助成の審査に使われます。今まではこれを紙で作って郵送していたんですが、国が全体的なオンライン化を進めていて、システム対応が必要になっているんですね。
佐藤

佐藤

補助金エージェント編集長

えっ、紙からオンラインに切り替えるためのシステム整備費用を補助してくれるってことですか!
室谷

室谷

代表取締役

そうです! パソコンの購入費用や、インターネット回線の敷設工事費などが対象になります。補助率は2分の1で、上限は1医療機関あたり5万円です。

補助金の基本情報まとめ

東京都臨床調査個人票電子化等推進事業補助金の仕組みを説明した図解
東京都臨床調査個人票電子化等推進事業補助金の仕組みを説明した図解
項目内容
補助金名令和7年度東京都臨床調査個人票電子化等推進事業補助金
実施機関東京都保健医療局
対象地域東京都内
補助率2分の1
補助上限額1医療機関あたり5万円(基準額10万円)
申請期間令和7年9月1日(月)〜令和7年10月31日(金)
実績報告締切令和8年3月31日(火)
問い合わせ先東京都保健医療局 保健政策部 疾病対策課 疾病対策担当(03-5320-4471)
公式ページ難病指定医療機関へのお知らせ
佐藤

佐藤

補助金エージェント編集長

5万円って少ない気もしますが、実際に使えますか?
室谷

室谷

代表取締役

確かに補助上限は5万円ですが、パソコン1台や回線工事費などの実費の半分を賄えます。オンライン入力用の最低限のスペックのパソコンであれば、5万円の補助でほぼカバーできるケースもあります。既存のパソコンが活用できる場合は、回線工事費などに充てることも可能です。
佐藤

佐藤

補助金エージェント編集長

なるほど! 申請できる医療機関の条件はどんな感じですか?

申請できる医療機関の条件

室谷

室谷

代表取締役

申請資格は、ざっくり3つの条件を全部満たすことです。まず東京都内にある医療機関であること。次に、難病指定医または協力難病指定医が在籍していること。そして過去に同じ補助金の交付を受けていないことです。
佐藤

佐藤

補助金エージェント編集長

過去に受けていたらダメなんですか!
室谷

室谷

代表取締役

はい、この補助金は「初回の環境整備」を支援するものなので、1回限りの申請しか認められていません。初めてオンライン化に対応する医療機関向けの制度です。ですからまだ申請していない施設は早めに動くことをお勧めします!
佐藤

佐藤

補助金エージェント編集長

難病指定医って、どういう医師のことですか?
室谷

室谷

代表取締役

難病の患者さんに対する医療等に関する法律施行規則第15条第1項第1号に規定される「難病指定医」と、同項第2号に規定される「協力難病指定医」が在籍する医療機関が対象です。病院でも診療所でも申請できますよ。医療法第7条に基づき許可を受けた病院や診療所、同法第8条に基づき届出をした診療所が対象範囲です。
佐藤

佐藤

補助金エージェント編集長

ということは、大学病院から個人クリニックまで、規模を問わず対象なんですね。
室谷

室谷

代表取締役

そうです! ただし東京都知事が必要かつ適当であると認めた機関に限られるので、申請前に要件をしっかり確認することが大切です。

重複申請に注意!

「東京都小児慢性特定疾病医療費意見書オンライン登録システム環境整備事業費補助金」との重複申請は明確に禁止されています。自院の診療内容に合わせて、どちらか一方を選択して申請してください。

対象経費と補助額の詳細

佐藤

佐藤

補助金エージェント編集長

実際に何に使える補助金なのか、もう少し具体的に教えてもらえますか?
室谷

室谷

代表取締役

対象経費は大きく3つに分かれます!
経費カテゴリ具体的な対象
情報機器購入費臨床調査個人票のオンライン入力・送信に必要なパソコンの購入経費
通信環境整備費インターネット回線の敷設工事費、オンラインシステム接続に必要な通信機器の購入・設置費用
システム関連費業務システムの改修に係る経費、オンライン化対応に必要なソフトウェアの導入費用
佐藤

佐藤

補助金エージェント編集長

逆に使えない経費もあるんですよね?
室谷

室谷

代表取締役

はい、注意が必要なものがあります。既存設備の更新・入れ替えで、オンライン化に直接関係しない機器の購入費は対象外です。インターネット回線の月額利用料・通信費、医療機関の通常業務に使う汎用ソフトウェアの購入費、人件費・研修費なども対象外になります。
佐藤

佐藤

補助金エージェント編集長

要するに「電子化のために直接必要な設備投資」に限られるわけですね。
室谷

室谷

代表取締役

まさにその通りです! 申請前に「交付申請にあたっての留意事項」を必ずご確認ください。東京都保健医療局のウェブサイトに掲載されています。

補助額の計算方法

補助金額は次の3つのうち最も少ない額になります。

  • 基準額(1医療機関あたり10万円)
  • 対象経費の実支出額から寄付金等の収入額を控除した額
  • 基準額と実支出額(控除後)を比較して少ない方 × 補助率2分の1

最終的な補助上限は5万円です。

申請の流れ

佐藤

佐藤

補助金エージェント編集長

申請はどうやってすればいいんですか? オンラインで申請できますか?
室谷

室谷

代表取締役

申請は書面での提出になります。手順を順番に説明しますね!
1

要件確認と書類準備 東京都保健医療局のウェブサイトにある「交付申請にあたっての留意事項」と「手続きの流れについて」を必ず読んでください。自院に難病指定医または協力難病指定医が在籍しているか、過去の交付歴がないかを確認します。

2

見積書の取得 パソコン購入費や回線工事費など、補助を受けたい経費の見積書を業者から取り寄せます。見積書は申請書類の一つとして提出が必要です。

3

申請書類の作成 以下の書類を準備します。別記第1号様式「令和7年度東京都臨床調査個人票電子化等推進事業補助金交付申請書」、別紙1「所要額調書」、別紙2「内訳書」、その他参考となる資料。記入例が公式サイトに掲載されているので活用してください。

4

提出(令和7年10月31日(金)まで) 東京都保健医療局 保健政策部 疾病対策課(疾病対策担当)に申請書類を提出します。提出期限は令和7年10月31日(金)です。予算が上限に達した場合は早期に受付が終了する可能性もあります。

5

審査・交付決定 都による審査を経て交付決定通知が届きます。交付決定後にパソコンや機器の購入・回線工事を実施します(決定前の購入は補助対象外になる可能性があります)。

6

実績報告書の提出(令和8年3月31日(火)まで) 事業完了後に別記第3号様式「実績報告書」を提出します。提出期限は令和8年3月31日(火)です。補助金額の確定後、指定口座に振り込まれます。

佐藤

佐藤

補助金エージェント編集長

交付決定前に機器を買ってはダメなんですね! これは重要なポイントですね。
室谷

室谷

代表取締役

非常に重要です! 交付決定通知を受け取る前に購入・契約してしまうと、補助の対象外になる可能性があります。必ず交付決定を受けてから発注・契約してください。
佐藤

佐藤

補助金エージェント編集長

申請に必要な準備期間はどのくらいですか?
室谷

室谷

代表取締役

見積書の取得や書類作成を含めて、大体2週間程度を見ておくといいと思います。難易度は低い補助金ですが、令和7年度の申請期間はすでに令和7年10月31日で終了しています。令和8年度以降の公募に備えて、今から準備しておくのがベストです!

審査のポイントと採択率を上げるコツ

申請成功のための攻略ポイントを示した図解
申請成功のための攻略ポイントを示した図解
佐藤

佐藤

補助金エージェント編集長

審査はどんな基準で行われるんですか? 難しいですか?
室谷

室谷

代表取締役

この補助金は資格審査が中心なので、要件さえ満たしていれば比較的通りやすいです! ただし、いくつか注意点があります。

採択率を上げる4つのポイント

  1. 対象経費の範囲を正確に把握する — 「交付申請にあたっての留意事項」の内容を熟読し、補助対象となる経費のみを計上する

  2. オンライン化への直接的な必要性を明示する — 購入するパソコンや工事が臨床調査個人票のオンライン化に直接必要であることを明確に記載する

  3. 見積書は具体的な内容で取得する — パソコンのスペック、回線の種類と仕様など、補助対象との整合性がわかる見積書を添付する

  4. 早めに申請する — 予算の範囲内での交付のため、予算上限に達した場合は早期に受付終了となる可能性がある

佐藤

佐藤

補助金エージェント編集長

補助金の申請が初めてでも大丈夫ですか?
室谷

室谷

代表取締役

大丈夫ですよ! 申請書類も比較的シンプルで、記入例も公式サイトに掲載されています。不明点は東京都保健医療局の疾病対策課(03-5320-4471)に直接聞けます。電話での相談に応じてもらえるので、積極的に活用してください。
佐藤

佐藤

補助金エージェント編集長

問い合わせ先が明確なのは安心ですね!

問い合わせ先

東京都保健医療局 保健政策部 疾病対策課 疾病対策担当

電話番号: 03-5320-4471

問い合わせの際は、「交付申請にあたっての留意事項」と「手続きの流れについて」を事前にご確認のうえ、具体的な質問を準備してから電話することをお勧めします。

制度の背景と難病医療のデジタル化

佐藤

佐藤

補助金エージェント編集長

そもそも、なぜ今このタイミングでこういう補助金が出てきたんですか?
室谷

室谷

代表取締役

国の方針がバックにあるんです! 現在、国は医療機関・自治体・国が共通のデータベースを構築することで、小児慢性特定疾病医療費助成と難病医療費助成の診断書のオンライン化を推進しています
佐藤

佐藤

補助金エージェント編集長

国全体でデジタル化を進めているんですね。
室谷

室谷

代表取締役

そうなんです。臨床調査個人票というのは、患者さんの難病の状態を把握し、適切な医療費助成を行うための基礎資料です。従来は紙で作成して郵送していたため、医師や事務スタッフの負担が大きく、記入ミスによる差し戻しも発生していました。
佐藤

佐藤

補助金エージェント編集長

オンライン化すると何がよくなるんですか?
室谷

室谷

代表取締役

大きく3つのメリットがあります! まずデータの正確性が向上します。オンライン入力では必須項目が漏れにくく、差し戻しがほぼゼロになります。次に処理時間が短縮されます。郵送の往来がなくなるので、患者さんへの審査結果通知も早くなります。そして医療機関と自治体間の情報連携が強化されます。
佐藤

佐藤

補助金エージェント編集長

月あたり10時間も事務時間を削減できるって、相当大きいですよね!
室谷

室谷

代表取締役

実際に臨床調査個人票の作成・郵送にかかっていた事務時間が月あたりざっくり10時間程度削減できたという声もあります。医師・事務スタッフ双方の負担が軽くなり、本来の診療に集中できる時間が増えます。
佐藤

佐藤

補助金エージェント編集長

難病の患者さんにとっても、手続きが早くなるメリットがあるんですね。じゃあ、具体的にどんな医療機関がこの補助金を活用できるのか、ユースケースを教えてもらえますか?

活用モデルケース

室谷

室谷

代表取締役

3つの典型的なパターンをご紹介しますね!
パターン医療機関の状況活用方法期待効果
パターンA(中規模病院)難病指定医3名在籍、病床数120床、紙で個人票作成・郵送中補助金でオンライン入力用パソコンを購入、専用回線を整備事務処理時間を月あたり約10時間削減、記入ミスによる差し戻しがほぼゼロに
パターンB(個人診療所)協力難病指定医1名在籍、スタッフ5名、古いインターネット環境補助金で回線工事費を賄い、安定した通信環境を整備。既存PCでOSアップデートも実施5万円の補助で自己負担を最小限に抑えながら、将来のオンライン診療にも対応できる基盤を整備
パターンC(大学病院・研究機関)難病指定医5名在籍、大量の個人票を扱う難病診療科補助金で専用端末を導入し、各指定医がオンラインで個人票を入力できる体制を整備大量の個人票オンライン提出が可能になり、年間事務処理効率が約30%向上
佐藤

佐藤

補助金エージェント編集長

規模を問わずいろんな医療機関が活用できるんですね!
室谷

室谷

代表取締役

そうです! 特に個人診療所などの小規模な医療機関にとっては、5万円でも大きな助けになります。いずれは全国的にオンライン提出が標準化される見通しなので、まだ対応していない医療機関は早期に対応することで先行優位に立てます

東京都の医療機関向け補助金との比較

佐藤

佐藤

補助金エージェント編集長

似たような補助金が他にもあるって聞いたんですが、違いを教えてもらえますか?
室谷

室谷

代表取締役

東京都内の医療機関が申請できる補助金はいくつかあります。目的や対象が異なるので、比較してみましょう!
補助金名対象補助上限額補助率申請期間
令和7年度東京都臨床調査個人票電子化等推進事業補助金難病指定医が在籍する都内医療機関5万円1/2令和7年9月〜10月
令和7年度訪問系介護サービス事業所に対する防犯機器等導入支援補助金都内の訪問系介護サービス事業所10万円1/2令和7年度(受付終了)
令和7年度NBC災害・テロ対策設備整備補助事業東京都災害拠点病院の開設者約3,376万円令和7年11月〜令和8年5月
令和7年度私立学校等結核予防費都費補助金都内の私立学校等1,000万円基準単価による随時(令和7年度)
佐藤

佐藤

補助金エージェント編集長

NBC災害補助金はすごく金額が大きいですね!
室谷

室谷

代表取締役

NBC災害・テロ対策補助金は、核・生物剤・化学剤による災害に備えた設備整備を支援する制度で、規模が全然違います。東京都の災害拠点病院に指定されている医療機関向けで、用途も対象も臨床調査個人票電子化とは異なります。自院がどの補助金の要件を満たすかを確認したうえで申請してください!
佐藤

佐藤

補助金エージェント編集長

同時に複数の補助金に申請することはできますか?
室谷

室谷

代表取締役

対象経費が重複しない範囲であれば可能なケースもあります。ただし、「東京都小児慢性特定疾病医療費意見書オンライン登録システム環境整備事業費補助金」との重複申請は明確に禁止されているのでご注意ください!

IT化・DX補助金との比較・組み合わせ

佐藤

佐藤

補助金エージェント編集長

中小企業向けのIT導入補助金と組み合わせることはできないんですか?
室谷

室谷

代表取締役

いい視点ですね! IT導入補助金のような経済産業省系の補助金は、医療機関も条件によっては活用できる場合があります。ただし対象経費が重複する場合は併用できません。臨床調査個人票の電子化に特化した経費は本補助金で賄い、電子カルテや医療情報システム全般のIT化には別途IT導入補助金等の活用を検討するという使い分けが理想的です。
佐藤

佐藤

補助金エージェント編集長

医師会などの団体が提供するICT化支援サービスもあるんですか?
室谷

室谷

代表取締役

はい! 補助金だけでなく、東京都医師会等の団体が提供するICT化支援サービスの活用も検討に値します。補助金で賄えない部分を団体のサービスで補うという組み合わせも効果的です。
佐藤

佐藤

補助金エージェント編集長

なるほど。補助金だけに頼らない資金調達の視点も大事なんですね。次回公募に向けて今からできる準備はありますか?

難病医療費助成制度と臨床調査個人票の関係

佐藤

佐藤

補助金エージェント編集長

そもそも難病医療費助成制度って、どんな仕組みなんですか? 電子化がなぜ重要なのかをもう少し深く知りたいです。
室谷

室谷

代表取締役

難病医療費助成制度は、指定難病の患者さんが医療費の自己負担を軽減するための制度です! 難病は治療が長期にわたるケースが多く、医療費の負担が大きいため、国と都道府県が費用を負担する仕組みが設けられています。
佐藤

佐藤

補助金エージェント編集長

患者さんがどうやって助成を受けるんですか?
室谷

室谷

代表取締役

患者さんが助成を受けるには、難病指定医が「臨床調査個人票」を作成して、都道府県に提出することが必要です。この個人票には、診断名、病気の重症度、治療内容、検査結果などが記載されます。都道府県は個人票の内容を審査して、医療費助成の認定を行います。
佐藤

佐藤

補助金エージェント編集長

医師が診断書を書いて、それを基に認定されるイメージですね。
室谷

室谷

代表取締役

そうです! ただ、従来は紙の個人票を医療機関が作成して郵送し、都道府県がそれを受け取って処理するという流れでした。この紙のプロセスには記入ミス、紛失リスク、処理の遅延といった問題がありました
佐藤

佐藤

補助金エージェント編集長

オンライン化するとこれらの問題が解決するわけですね。
室谷

室谷

代表取締役

まさに! 国は医療機関・自治体・国が共通のデータベースを構築し、2026年度(令和8年度)以降に本格的な運用を目指しています。今から環境整備を進めておくことで、スムーズな移行が可能です。難病指定医療機関にとって、この電子化対応は避けられない課題です。
佐藤

佐藤

補助金エージェント編集長

東京都内の難病指定医療機関はどのくらいあるんですか?
室谷

室谷

代表取締役

東京都保健医療局の難病ポータルサイトによると、東京都内には多数の難病指定医療機関があります。大学病院や総合病院から、地域の診療所まで多様な医療機関が難病指定医の下で診療を行っています。まだ電子化対応が完了していない医療機関は、本補助金を活用してシステム整備を進めることができます。
佐藤

佐藤

補助金エージェント編集長

じゃあ、次回公募に向けた準備の話も教えてください!

次回公募に向けた準備

室谷

室谷

代表取締役

令和7年度の申請期間(令和7年10月31日)はすでに終了しています。ただ、令和8年度も同様の公募が行われる可能性が高いので、今から準備を始めることをお勧めします!
1

自院の難病指定医の在籍状況を確認 難病指定医または協力難病指定医が在籍しているか、東京都への指定申請状況を確認します。

2

現在のIT環境を棚卸しする 既存のパソコンやインターネット環境が臨床調査個人票のオンライン入力・送信に対応しているかを確認します。

3

必要な設備を特定して見積書を取得する オンライン化に必要な機器や工事の概算費用を事前に把握しておきます。

4

公募開始を確認する 東京都保健医療局の公式サイト(難病指定医療機関へのお知らせページ)を定期的に確認します。令和8年度の公募が開始されたら、速やかに申請書類を準備します。

佐藤

佐藤

補助金エージェント編集長

過去に受給していない医療機関は、次回公募で確実に申請したいですね!
室谷

室谷

代表取締役

1回限りの補助なので、タイミングを逃すと次はありません。全国的にオンライン提出が標準化されるのは時間の問題なので、今からシステム整備を進めておくことが重要です。

よくある質問

佐藤

佐藤

補助金エージェント編集長

最後に、申請でよくある疑問をまとめてもらえますか?
室谷

室谷

代表取締役

はい! よく聞かれる質問を整理しますね。
佐藤

佐藤

補助金エージェント編集長

まず「補助上限の5万円ではパソコン購入費を賄えない場合はどうすればいい?」
室谷

室谷

代表取締役

補助金はあくまで経費の一部を支援するものです。補助上限を超える部分は医療機関の自己負担となります。ただし、オンライン化に必要な最低限のスペックのパソコンであれば、5万円の補助でほぼカバーできる場合もあります。既存のパソコンが活用できる場合は、回線工事費等に補助を充てることも可能です。
佐藤

佐藤

補助金エージェント編集長

「過去に交付を受けた場合は一切申請できないのですか?」
室谷

室谷

代表取締役

はい、過去に同じ補助金の交付を受けた医療機関は対象外です。本補助金は初回の環境整備を支援する制度であり、追加・更新は対象となりません。
佐藤

佐藤

補助金エージェント編集長

「小児慢性特定疾病の補助金と両方申請することはできますか?」
室谷

室谷

代表取締役

できません。「東京都小児慢性特定疾病医療費意見書オンライン登録システム環境整備事業費補助金」との重複申請は明確に認められていません。自院の診療内容に合わせて、いずれか一方を選択して申請してください。
佐藤

佐藤

補助金エージェント編集長

「診療所でも申請できますか?」
室谷

室谷

代表取締役

はい! 医療法第7条に基づき許可を受けた診療所、同法第8条に基づき届出をした診療所も対象です。難病指定医または協力難病指定医が在籍しており、東京都知事が認めた機関であれば申請できます。
佐藤

佐藤

補助金エージェント編集長

「申請期間中はいつでも申請できますか?」
室谷

室谷

代表取締役

申請期間内(令和7年9月1日〜10月31日)であればいつでも申請できます。ただし、予算の状況によっては早期に受付が終了する可能性があります。書類が整い次第、速やかに申請することをお勧めします!
佐藤

佐藤

補助金エージェント編集長

「対象経費の詳細はどこで確認できますか?」
室谷

室谷

代表取締役

東京都保健医療局のウェブサイトに掲載されている「交付申請にあたっての留意事項」に詳細が記載されています。不明点は疾病対策課(03-5320-4471)にお問い合わせください。