長崎の漁業者が使える補助金・助成金の全体像
佐藤
補助金エージェント編集長
室谷さん、漁業って補助金がけっこうあるんですか？長崎は全国でも有名な水産県だと聞いて、気になってまして。
室谷
代表取締役
ありますよ、かなり。長崎県って漁業生産量が全国3位なんです。海岸線の長さは日本一で約4,180kmある。それだけ漁業が盛んだから、国も県も補助金を手厚くしてるんですよね。
佐藤
補助金エージェント編集長
日本一の海岸線！それは知りませんでした。
室谷
代表取締役
しかも長崎の場合、離島が多い。対馬、壱岐、五島列島、新上五島…。離島の漁業者は本土よりさらに経営が大変で、コストも資材も割高になりがちなんです。だから補助金の必要性が特に高い地域と言えますね。
佐藤
補助金エージェント編集長
なるほど。では補助金の種類って、大きく分けるとどんな種類がありますか？
室谷
代表取締役
漁業の補助金は4つのカテゴリで考えると整理しやすいです。まず「漁船・設備の整備」、次に「ALPS処理水対応（輸出・国内販路）」、3つ目が「水産加工・6次産業化」、4つ目が「スマート水産・省エネ」ですね。それぞれ対象と金額が全然違うので、自分の課題に合ったものを選ぶのが大事です。
| カテゴリ | 代表的な補助金 | 補助率の目安 |
|---|---|---|
| 漁船・設備整備 | 水産業競争力強化緊急事業 | 1/2以内 |
| ALPS処理水対応 | 輸出先多角化緊急支援事業 | 定額 |
| 水産加工・6次産業化 | ものづくり補助金、小規模持続化 | 1/2〜2/3 |
| スマート水産・省エネ | 長崎県コスト縮減緊急対策補助金 | 補助率は要確認 |
佐藤
補助金エージェント編集長
こうして見るとわかりやすいですね。次のセクションから詳しく教えてもらえますか？
室谷
代表取締役
もちろんです。まず国の制度から一つずつ見ていきましょう。
国の漁業補助金 — 長崎の漁業者が申請できる主要制度
佐藤
補助金エージェント編集長
国の補助金って、長崎の漁業者も申請できるんですよね？
室谷
代表取締役
基本的に全国の漁業者が対象ですね。ただ制度によって「中小企業者」限定だったり「水産業者」しか申請できないものもあるので、条件の確認は必須です。
ALPS処理水対応 — 輸出先多角化緊急支援事業
佐藤
補助金エージェント編集長
ALPS処理水の問題、水産業にはけっこう影響ありましたよね。
室谷
代表取締役
大きかったです。特に長崎はブリ、タイ、カツオなど、中国向けに輸出していた品目が多くて。中国の輸入規制で売り先がなくなった漁業者・加工業者には本当に深刻な打撃でした。そこで農林水産省が2024〜2025年度にかけて大規模な緊急支援を打ち出してますね。
佐藤
補助金エージェント編集長
具体的にどんな補助金があるんですか？
室谷
代表取締役
まず「令和7年度 ALPS処理水関連 輸出先多角化緊急支援事業」。これは補助総額が約20億円（定額補助）と規模が大きいです。ほたて・なまこ・水産加工品など輸出が減った品目を対象に、新規需要開拓やマーケティング支援をしています。ただしこれは執行団体を公募する形式なので、実際に漁業者・加工業者に届くのは間接補助という形ですね。
佐藤
補助金エージェント編集長
間接補助ってどういうことですか？
室谷
代表取締役
国が採択した団体（例えば水産業の業界団体など）に補助金を出して、その団体が各事業者に支援するという仕組みです。直接申請できないので、まず地元の漁協や水産加工業協会に「こういう制度を使いたい」と相談するのが現実的な動き方ですね。
佐藤
補助金エージェント編集長
なるほど！漁協に相談するのが近道なんですね。
室谷
代表取締役
その通りです。長崎県漁業協同組合連合会（長崎漁連）が一次窓口になるケースが多いです。
ALPS処理水対応 — 国内販路拡大等支援事業
佐藤
補助金エージェント編集長
輸出だけじゃなくて、国内向けの支援もあるんですか？
室谷
代表取締役
ありますよ。令和7年度の国内販路拡大等支援事業と「令和6年度 国内販路拡大等支援事業」がありますね。国内の消費者へのプロモーション、新しい販売チャネルの開拓——産直ECやスーパーへの売り込みなど——を支援するものです。R6年度の補助総額は約10億円（定額）で、これも水産業者が間接補助で活用する形です。R7年度分は現在公募情報が更新中のため、農林水産省または漁協に最新情報を確認してください。
佐藤
補助金エージェント編集長
規模がとにかく大きいですね（笑）。
室谷
代表取締役
国が本気で水産業を守ろうとしてる表れだと思います。ただ、だからこそ申請の窓口が複雑だったりもするので、漁協や長崎県の水産部に早めに問い合わせるのをお勧めしますね。
ALPS処理水対応 — 加工拠点整備支援事業
佐藤
補助金エージェント編集長
設備投資の補助もあるんですか？
室谷
代表取締役
あります。「令和5年度 地域の加工拠点整備支援事業」は、水産加工施設の新築・改修・設備導入に対して1/2以内の補助、上限は約17.5億円という大型補助金です。コンソーシアム（複数の事業者連合）での申請も可能で、島ごとに漁業者が組合を作って一緒に申請するようなケースも想定されています。
佐藤
補助金エージェント編集長
島ごとに組合を作って申請…なるほど、離島の多い長崎に向いてますね！
室谷
代表取締役
まさにそこが長崎の強みです。五島の漁業者が集まって一つの加工拠点を整備するとか、対馬の漁業者がまとめて冷凍設備を入れるとか。島内での協業化を進める絶好のチャンスです。
食品ロス削減等緊急対策事業
佐藤
補助金エージェント編集長
食品ロスの補助金も漁業に使えるんですか？
室谷
代表取締役
水産加工業者なら活用できますよ。「令和7年度 食品ロス削減等緊急対策事業」は最大2億円の定額補助で、食品リサイクルの効率化や未利用食品の活用モデルを支援します。長崎でいえば、規格外の魚や加工残渣（あらなど）を新しい製品にするプロジェクトに使えます。サバやアジの骨を使ったカルシウム食品を開発するとか、意外とアイデア次第ですね。
佐藤
補助金エージェント編集長
おもしろいですね。捨てていたものを商品にするわけか。
室谷
代表取締役
フードロス削減にもなるし、新商品にもなる。こういう事業は採択担当者の評価が高くなりやすいんですよ。環境的な価値と経済的な価値を同時に出せるので。
アフリカ向け日本企業ビジネス展開緊急促進事業
佐藤
補助金エージェント編集長
アフリカ向け、ですか？
室谷
代表取締役
これは水産物の輸出多角化という文脈で使える補助金です。「令和7年度 アフリカ向け日本企業ビジネス展開緊急促進事業」は最大4,000万円、補助率10/10（全額補助）という破格の条件です。アフリカでの実現可能性調査（F/S調査）や技術者の現地派遣が対象で、規模感のある企業や水産加工会社に向いてます。
佐藤
補助金エージェント編集長
全額補助って珍しいですよね！
室谷
代表取締役
かなり珍しいです。長崎の水産加工会社でアフリカ展開を検討してるところがあれば、真っ先に検討する価値があります。審査があるので全員が通るわけじゃないですが、条件に合えば最大チャンスですね。
フードテックビジネス実証・実装事業
佐藤
補助金エージェント編集長
フードテックというと、スマート養殖とかですか？
室谷
代表取締役
そうです！「令和7年度補正 フードテックビジネス実証・実装事業」は補助上限2,000万円、補助率1/2以内で、スマート養殖・代替タンパク・AI活用食品開発などを支援します。長崎は真鯛の養殖が盛んですが、AIを使った水温・飼料管理システムを入れたいとか、新しい養殖技術を実装したい場合に活用できます。申請期間は2026年4月7日から5月8日なので、今すぐ動けばギリギリ間に合います！
佐藤
補助金エージェント編集長
ちょうど今じゃないですか！
長崎県の独自補助金 — 他県にない手厚い支援
佐藤
補助金エージェント編集長
長崎県独自の補助金って何かありますか？
室谷
代表取締役
これがかなり注目なんですけど、「水産業コスト縮減緊急対策事業費補助金」という制度があります。燃油・資材等の物価高騰の影響を受けている県内の水産関連事業者を対象に、省力化・効率化のための施設整備や機器導入を支援する長崎県独自の補助金です。
佐藤
補助金エージェント編集長
漁船の燃油代って今も高いままですよね。
室谷
代表取締役
高いですね。2022年のウクライナ侵攻以降、燃油価格が跳ね上がって漁業者の経営を直撃してます。そこで長崎県が「うちの漁業者を守ろう」ということで独自に予算を組んだわけです。2026年4月30日付けで更新された情報によると、一次公募は終了してますが、二次公募の可能性がありますので長崎県水産部（漁政課）に問い合わせてみてください。
佐藤
補助金エージェント編集長
長崎県漁政課が窓口なんですね。
室谷
代表取締役
はい。対象は県内に主たる事務所または事業所を置く漁業者等です。補助率や補助上限の詳細は長崎県公式ページで確認してください。
佐藤
補助金エージェント編集長
他に長崎県ならではの支援ってありますか？
室谷
代表取締役
長崎県農林水産業担い手育成基金が運営する「漁業士等実践活動支援事業」があります。これは漁村の活性化と優れた漁業後継者の育成を目的とした助成事業で、担い手不足に悩む長崎の漁業地域に向けた支援です。若い漁業者や漁業法人が新しい漁法を学んだり、地域活性化の取り組みを進めるときに活用できます。長崎県農林水産業担い手育成基金（TEL 0957-25-0031）が問い合わせ先です。
佐藤
補助金エージェント編集長
担い手の育成は長崎の離島にとって特に重要そうですね。
室谷
代表取締役
本当にそうです。対馬や五島では若者が少なくなって、漁師のなり手が減っています。補助金を使って収入を安定させながら、次世代の漁業者を育てることが、長崎の水産業を守る鍵ですね。
漁業補助金の横断比較
佐藤
補助金エージェント編集長
ちょっと整理したくなってきました。どの補助金が何に使えるか、一覧で見せてもらえますか？
室谷
代表取締役
はい、まとめますね。
| 補助金名 | 補助上限額 | 補助率 | 主な対象 | 申請窓口 |
|---|---|---|---|---|
| ALPS処理水輸出先多角化支援（R7） | 約20億円（定額） | 定額 | 水産業者・加工業者 | 業界団体経由 |
| ALPS処理水国内販路拡大（R6） | 約10億円 | 定額 | 水産業者・加工業者 | 業界団体経由 |
| 加工拠点整備支援事業（R5） | 約17.5億円 | 1/2以内 | 民間団体・コンソーシアム | 農林水産省 |
| 食品ロス削減緊急対策事業（R7） | 2億円 | 定額 | 食品製造・加工業 | 農林水産省 |
| アフリカ向け展開支援（R7） | 4,000万円 | 10/10 | 企業・NPO等 | 農林水産省 |
| フードテックビジネス実証（R7補正） | 2,000万円 | 1/2以内 | 中小企業・スタートアップ | 農林水産省 |
| 長崎県コスト縮減緊急対策補助金 | 要確認 | 要確認 | 県内水産関連事業者 | 長崎県漁政課 |
| ものづくり補助金（参考） | 1,250万円 | 1/2〜2/3 | 水産加工業者 | 全国の商工会議所 |
| 小規模事業者持続化補助金（参考） | 200万円（最大） | 2/3 | 小規模な漁業者・加工業者 | 全国の商工会議所 |
| 事業再構築補助金（参考） | 最大7,000万円 | 1/2〜2/3 | EC・直売所展開 | 事務局 |
佐藤
補助金エージェント編集長
わあ、こんなにあるんですね。どれを選べばいいか迷いそうですけど。
室谷
代表取締役
一番大事なのは「今自分が何に困ってるか」です。燃油コストを減らしたい → 長崎県コスト縮減補助金。輸出先が減って困ってる → ALPS対応の国の補助。設備を新しくしたい → ものづくり補助金か加工拠点整備。まずこの切り口で絞り込むといいです。
補助金選びの3ステップ
- STEP1 課題を明確に: 何を解決したいか（コスト削減・販路開拓・設備投資・新事業）
- STEP2 対象条件を確認: 個人漁業者か法人か、規模はどのくらいか
- STEP3 申請時期を確認: 年に1〜2回しか公募しない補助金も多い。逃さないよう常にアンテナを張る
申請のポイント — 採択率を上げるコツ
佐藤
補助金エージェント編集長
漁業の補助金って、採択されやすくするコツってありますか？
室谷
代表取締役
ありますよ。まず「事業計画書の質」がほぼ全てを決めます（笑）。補助金の担当者は、申請書を見て「この事業は本当に補助金が必要か」「成果が出そうか」を判断するんです。
佐藤
補助金エージェント編集長
具体的にはどんなことを書けばいいですか？
室谷
代表取締役
3つのポイントです。1つ目は数字で課題を示すこと。「燃油費が前年比30%増で経営を圧迫している」のような具体的な数値を入れると説得力が全然違います。2つ目は補助金を使った後の「効果予測」。「この設備を入れれば年間○万円のコスト削減になる」という計算を入れましょう。3つ目は「なぜ今、補助金が必要か」の理由です。自己資金で対応できる規模感なのに補助金を申請しても説得力がないので、正直に現状を書くことが大事です。
佐藤
補助金エージェント編集長
なるほど。ものづくり補助金みたいに人気の補助金は採択率ってどのくらいなんですか？
室谷
代表取締役
ものづくり補助金は直近の公式データ（22次締切 申請1,552件・採択582件）で見ると採択率は30〜38%程度です。複数の年度にまたいで平均しても、申請倍率は高く、約半数以上が不採択になる年もあります。ただ、漁業・水産業に特化した国の補助金（ALPS対応など）は政策的優先度が高いので、事業計画がちゃんとしていれば採択されやすい印象があります。
これだけは気をつけて
- 交付決定前に着工・発注しない: 補助金の交付決定前に工事や発注を始めると、その費用は補助対象から外れます。まず採択通知を受けてから動くこと
- 後払いが基本: 補助金は原則として「先に払ってから後で補助金を受け取る」仕組み。運転資金の確保は事前に
- GビズIDを事前取得: ものづくり補助金・事業再構築補助金はGビズIDが必要。取得に2〜3週間かかることがあるので、申請期間ギリギリから動くと間に合わない
佐藤
補助金エージェント編集長
後払いは盲点ですね！資金繰りを考えておかないといけない。
室谷
代表取締役
漁業者の方でよくあるのが「補助金で漁船を修理しようとしたけど、先払いの資金がない」という相談です。日本政策金融公庫の「農林漁業セーフティネット資金」と組み合わせて、つなぎ資金を確保しながら補助金を申請するのが実践的な方法ですね。
1
対象補助金を探して公募要領を入手する（農林水産省・長崎県水産部のウェブサイト）
2
GビズIDを事前に取得する（補助金によっては必須）
3
漁協または商工会議所に相談する（事業計画書の作成サポートをしてくれることも）
4
事業計画書・申請書類を作成・提出する
5
採択結果を待つ（数週間〜数ヶ月）
6
交付決定通知を受けてから事業を開始する
7
事業完了後、実績報告書・請求書類を提出して補助金を受け取る
まとめ — 長崎の漁業者が今すぐできること
佐藤
補助金エージェント編集長
室谷さん、いろいろ教えてもらいましたけど、長崎の漁業者が今すぐできる動きって何ですか？
室谷
代表取締役
3つあります。まず「長崎県水産部の漁政課に電話する」。県独自のコスト縮減補助金について、二次公募があるか確認するのが最優先ですね。次に「漁協に相談する」。国のALPS対応補助金は漁協経由で情報が来ることが多いので、「こういう制度使いたい」と先に意思表示しておくのが大事です。3つ目は「フードテック補助金の締め切りを確認する」。2026年5月8日締切のフードテックビジネス実証事業は、スマート養殖に興味がある法人なら今すぐ動かないと間に合いません！
佐藤
補助金エージェント編集長
締め切りが近い補助金は本当にスピード勝負ですね。
室谷
代表取締役
そうなんですよ。補助金は「知ってるか知らないか」の差が大きい世界です。今日この記事を読んで「こういうのがあるんだ」と気づいた長崎の漁業者の方には、ぜひ積極的に動いてほしいですね。長崎の豊かな海と水産業を次の世代に残すためにも、使える制度は全部使い切る姿勢が大事だと思います。
佐藤
補助金エージェント編集長
力強いメッセージありがとうございます！長崎の漁業者の方、ぜひ動いてみてください。
相談窓口まとめ
- 長崎県水産部 漁政課: 県独自の水産補助金の問い合わせ窓口
- 長崎県漁業協同組合連合会（長崎漁連）: 国の水産補助金・ALPS対応支援の窓口
- 長崎県農林水産業担い手育成基金: TEL 0957-25-0031（新規就業・担い手支援）
- 長崎県中小企業支援センター: ものづくり補助金・小規模持続化補助金の相談
- 日本政策金融公庫 長崎支店: 補助金とセットで活用できるつなぎ融資の相談
室谷
代表取締役
長崎県内の他の業種の補助金・助成金については長崎県の補助金一覧ページでも確認できますよ。