食品輸出に特化した補助金って、農林水産省にもあるんですか？
佐藤
補助金エージェント編集長
室谷さん、農林水産省が「輸出物流構築事業」っていう補助金を令和7年度で動かしているって聞いたんですけど、これって食品系の事業者さん向けですか？
室谷
代表取締役
そうです！正式名称は「食品等物流合理化緊急対策事業のうち輸出物流構築事業（間接補助事業者公募）」といって、農水産品・食品の海外輸出に特化した物流支援の補助金ですね。令和8年4月22日から公募が始まっていて、締め切りは令和8年5月25日です。
佐藤
補助金エージェント編集長
ほんとに？それは気になりますね。どんな事業者さんが対象なんですか？
室谷
代表取締役
個人や中小企業が直接申請する形式じゃないんです。食品流通業者、農林漁業者、倉庫業者、運送事業者、卸売市場の開設者といった多様な事業者が「協議会」を組んで、その協議会として申請する仕組みです。
佐藤
補助金エージェント編集長
えっ、協議会で申請するんですか。それは珍しい形式ですね。
室谷
代表取締役
そうなんです。だから「間接補助事業者の公募」という名前がついているんです。農林水産省が食料システム機構（公益財団法人食品等持続的供給推進機構）に委託して、そこが協議会に補助金を出す構造です。この複層構造が特徴的なんですよ。
佐藤
補助金エージェント編集長
そもそも、なんでこのタイミングで輸出物流の補助金なんですか？背景があるんでしょうか。
室谷
代表取締役
背景は大きく3つあります。ひとつは、国内の食品物流の「2024年問題」で深刻化したトラックドライバー不足です。輸送力が足りない中で、輸出まで視野に入れるとなると、限られた輸送リソースをどう最適化するかが喫緊の課題になっています。ふたつ目は、食料・農業・農村基本法（令和6年改正）の方針として、海外から稼ぐ農水産・食品の輸出強化が国策に位置付けられたこと。3つ目は、輸出サプライチェーンの確立です。日本食・農産品の海外需要は高まっているのに、物流インフラが追いついていないという課題があるんです。
佐藤
補助金エージェント編集長
なるほど、物流問題と輸出拡大政策が重なった背景があるわけですね。それで協議会方式にしている理由は？
室谷
代表取締役
輸出物流は一社では完結しないんです。生産者が農産物を集荷して、冷蔵倉庫で保管して、コンテナに積んで、港まで運んで、船に乗せる。この一連のサプライチェーンを複数の事業者が連携して最適化しないと、効率的な輸出物流は実現しないんです。だから協議会をつくって全員で取り組む仕組みになっているわけです。
2つの補助メニューの内容を教えてください
佐藤
補助金エージェント編集長
補助金の内容って、具体的にどんなことに使えるんですか？
室谷
代表取締役
大きく2つのメニューがあります。ひとつ目が「輸出物流実装事業」、ふたつ目が「輸出設備・機器導入事業」ですね。まずは実装事業から説明すると、最適な輸送ルートの開拓や集荷・保管体制の構築、地方港湾・空港の活用促進といった「仕組みづくり」全般を支援します。
佐藤
補助金エージェント編集長
仕組みづくり、ですか。具体的にはどういうことをやるんでしょう？
室谷
代表取締役
たとえば、これまで大都市圏の港湾しか使っていなかった食品輸出を、地方の港湾や空港も活用するルートに切り替える実証とか、農産物の集荷体制を複数の生産者で共同化するシステムを構築するとか、そういった取り組みですね。輸出に向けた調査・関係者調整・計画策定費用も対象に入ります。
佐藤
補助金エージェント編集長
なるほど！ソフト面の支援ですね。設備導入事業の方は？
室谷
代表取締役
こちらはハード面です。安定的かつ低コストなコールドチェーンを実現するためのリーファーコンテナや、業務の自動化・省人化に必要な設備・機器をリース方式で導入したり、輸出物流構築の拠点となる施設を賃借したりする費用を補助します。
佐藤
補助金エージェント編集長
リーファーコンテナって、生鮮食品の温度管理をする冷蔵コンテナですよね？
室谷
代表取締役
まさにそうです！農水産品・食品の輸出では温度管理が命綱ですから、コールドチェーンの確立が最重要課題のひとつなんです。それをリース方式で導入するコストを国が補助するわけです。
補助率と補助上限額の詳細
| 事業メニュー | 補助率 | 補助上限額 |
|---|---|---|
| 輸出物流実装事業 | 定額（千円未満切捨て） | 1間接補助事業者あたり4,000万円 |
| 輸出設備・機器導入事業 | 対象経費の10分の3以内 | 1間接補助事業者あたり4,000万円 |
| 輸出設備・機器導入事業（HACCP等対応設備） | 対象経費の2分の1以内 | 同上 |
佐藤
補助金エージェント編集長
実装事業は「定額」っていうのが珍しいですね。
室谷
代表取締役
そうなんです。調査・計画策定・意見調整のようなソフト面の事業は、かかった費用を丸ごと補助するイメージです。設備・機器導入事業は補助率3割なんですが、HACCP（食品の安全管理の国際規格）、ISO22000、FSSC22000に対応する設備・機器なら補助率が5割まで上がります。
佐藤
補助金エージェント編集長
HACCP対応だと補助率が上がるんですか！それは大きな違いですね。
室谷
代表取締役
食品安全の国際基準への対応は輸出拡大のカギですから、国がインセンティブをつけているんです。輸出先国からHACCP取得を求められるケースも多いので、設備導入と同時に認証取得を目指す事業者さんは検討の価値がありますよ。
補助率の違いをチェック！
- 輸出物流実装事業: 定額補助（調査・計画策定・輸送費など）
- 輸出設備・機器導入事業（通常）: 対象経費の3/10以内
- HACCP・ISO22000・FSSC22000対応設備: 対象経費の1/2以内
- 補助上限は両事業とも4,000万円/事業者
佐藤
補助金エージェント編集長
ちなみに、総予算はどのくらいあるんですか？
室谷
代表取締役
公募要領によると、この輸出物流構築事業の予算額は4億円（400,000,000円）と明記されています。この予算の範囲内で補助金交付候補者が選ばれますから、採択件数が確定しているわけじゃないんですよ。
申請できる事業者の要件
佐藤
補助金エージェント編集長
さっき「協議会」を作って申請すると聞きましたが、どんな条件が必要ですか？
室谷
代表取締役
事業メニューによって少し違います。輸出物流実装事業なら、食品流通業者・企業組合・事業協同組合・協同組合連合会・卸売市場の開設者・運送事業者・貨物利用運送事業者などを構成員とする協議会が対象です。輸出設備・機器導入事業は農林漁業者や倉庫業者も加われます。
佐藤
補助金エージェント編集長
代表になれる事業者って決まっていますか？
室谷
代表取締役
はい、どちらの事業も「集荷・販売・輸送・保管のいずれかの業務を行う者が代表団体となること」という条件があります。つまり、物流の実務に実際に携わっている事業者が旗振り役になる必要があるということです。
佐藤
補助金エージェント編集長
協議会を作るだけじゃなくて、それ以外にも要件はありますか？
室谷
代表取締役
全部で8つの要件を全て満たす必要があります。主なものを挙げると、まず流通標準化ガイドラインに基づく取組が実施計画に含まれていること。次に、食品等の取引の適正化に関する法律（令和3年法律第59号）に基づく「流通合理化事業活動計画」の認定を受けているか、または受ける見込みがあること。あとは環境負荷低減のクロスコンプライアンスチェックシートへの対応、適切な管理体制の確保なども必要です。
佐藤
補助金エージェント編集長
「流通合理化事業活動計画」の認定って、初めて聞く言葉ですが？
室谷
代表取締役
これは農林水産省が推進している仕組みで、食品等事業者の物流効率化への取り組みを国が認定するものです。この認定がないと申請できないので、まだ取得していない場合は早めに農林水産省に相談することをおすすめします。認定を「受ける見込みがある」段階でも申請は可能ですよ。
申請前に確認必須！流通合理化事業活動計画
- 間接補助事業者は「流通合理化事業活動計画」の認定が必要（または見込みあること）
- 認定手続きには時間がかかるため、公募期間前から農林水産省へ相談することを強く推奨
- 協議会を構成する団体がすでに認定を受けていれば、その構成員も対象に含まれる
対象経費と申請できない経費
佐藤
補助金エージェント編集長
どんな費用が対象になるか、もう少し詳しく教えてください。
室谷
代表取締役
輸出物流実装事業の対象経費は、事業費（輸送費・梱包材等・調査費用・商流構築コストなど）、旅費、人件費、委託費、謝金、役務費などが含まれます。設備・機器導入事業は、設備・機器のリースにかかる費用や輸出拠点施設の賃借料などが対象です。
佐藤
補助金エージェント編集長
リース方式って書いてましたよね。購入はできないんですか？
室谷
代表取締役
設備・機器導入事業は基本的にリース方式が対象です。中古品の購入も原則不可ですが、新品だと事業完了期限（令和9年3月1日）に間に合わない場合に限り、例外的に認められることがあります。その場合は証明書類が必要です。
佐藤
補助金エージェント編集長
対象にならない経費ってどんなものがありますか？
室谷
代表取締役
建物等の建設費・不動産取得費、設備設置の土木工事費、設備の保守・管理費、交付決定前に発生した経費、消費税の仕入控除税額相当分などは補助対象外です。また、他の補助金で既に支援を受けている取り組みと重複した申請もNGです。
| 対象となる経費 | 対象外となる経費 |
|---|---|
| 輸送費・調査費・委託費 | 建物建設・不動産取得 |
| 人件費（直接従事する正職員等） | 設備の保守・管理費 |
| リーファーコンテナ等リース費 | 交付決定前の経費 |
| 輸出拠点施設の賃借料 | 他補助金との重複経費 |
| 商流構築用プロモーション費 | 中古設備（原則） |
申請の流れとポイント
佐藤
補助金エージェント編集長
申請はどうやってするんですか？Jグランツ（電子申請）ですか？
室谷
代表取締役
この補助金はJグランツで申請受付を行っていません。電子メールによる提出が原則です。件名を「輸出物流構築事業（申請者名）」として、ex-kouchiku@ofsi.or.jp に送付します。やむを得ない場合は郵送や持参も可能ですが、ファックスは受け付けません。
佐藤
補助金エージェント編集長
メール提出後に何か必要ですか？
室谷
代表取締役
メール送付後は必ず電話（03-5809-2176）でも連絡するよう求められています。受信トラブル防止のためですね。メール添付ファイルは1通あたり7MB以下という制限もあるので、資料が多い場合は複数に分けて送ります。
1
公募要領・様式のダウンロード（食料システム機構公式ページから）
2
協議会の組成・代表団体の選定（集荷/販売/輸送/保管業者が代表になること）
3
流通合理化事業活動計画の認定取得（または取得見込みの確認）
4
課題提案書等の作成（様式1〜6・定款・決算報告書・流通合理化事業活動計画等）
5
提出書類確認シートでチェック
6
電子メールで提出（件名「輸出物流構築事業（申請者名）」）→ 提出後に電話連絡も必須
7
審査・補助金交付候補者の選定（食料システム機構HPで公表）
8
交付申請書の提出・交付決定
9
令和9年3月1日までに事業完了
佐藤
補助金エージェント編集長
提出書類って何を準備すればいいですか？
室谷
代表取締役
主な書類は、課題提案書（別紙様式1）、課題提案書の応募者に関する事項（様式2）、事業計画書（様式3）、経費内訳（様式4・積算表や見積書添付必須）、誓約書（様式5）です。そのほかに団体概要書・定款・決算報告書・流通合理化事業活動計画・提出書類確認シートも必要です。
佐藤
補助金エージェント編集長
経費内訳は「一式見積」みたいな大ざっぱな書き方はダメですか？
室谷
代表取締役
ダメです！内訳が不明な積算表や「一式見積」は受け付けてもらえません。費目ごとに細かく積み上げた見積書が必要です。審査でも「経費配分の適正性」がチェックされますからね。
審査のポイントと採択のコツ
佐藤
補助金エージェント編集長
どんな提案が審査で評価されるんでしょうか？
室谷
代表取締役
審査は6つの観点から行われます。事業趣旨との整合性・新規性、取り組みの緊急度、事業内容の妥当性、波及効果、事業の継続性、経費配分の適正性です。
審査で重視される6つのポイント
- 事業趣旨との整合性・新規性: 食料安全保障・輸出拡大に貢献する内容か
- 取り組みの緊急度: 今すぐ着手すべき課題に対応しているか
- 事業内容の妥当性: 実現可能な計画か
- 波及効果: 他の事業者・地域への横展開が期待できるか
- 事業の継続性: 補助終了後も自走できる仕組みがあるか
- 経費配分の適正性: 過大・不適切な経費計上がないか
佐藤
補助金エージェント編集長
「波及効果」があるといいわけですね。他の地域のモデルになるような取り組みが高評価？
室谷
代表取締役
まさに！国の補助金ですから、「このモデルを全国に広げたい」という視点で見ています。たとえば、地方港湾を活用した輸出ルートの開拓を先進モデルとして実証し、後に他地域にも展開できる内容だと評価が高まります。
佐藤
補助金エージェント編集長
採択されやすい提案書ってどんな書き方をすればいいですか？
室谷
代表取締役
ポイントは「課題→解決策→成果目標」の論理的な流れを作ることです。まず「現状、○○という課題があり、輸出額が伸びていない」という具体的な課題を数字で示す。次に「この協議会でこういう物流ルートを構築することで解決する」という解決策を具体的に描く。そして「令和11年度までに輸出額を事業前比30%以上向上させる」という成果目標を書く。この3段構造が明確な提案書は審査員に響きますよ。
佐藤
補助金エージェント編集長
課題を数字で示すのが大事なんですね。
佐藤
補助金エージェント編集長
成果目標みたいなものはありますか？
室谷
代表取締役
あります。輸出物流構築事業の間接補助事業者は、生鮮食料品等の輸出額を事業実施前と比較して30%以上向上させること、または流通における所要時間・経費等を30%以上削減することが成果目標とされています。目標年度は令和11年度です。
佐藤
補助金エージェント編集長
事業期間は交付決定日から令和9年3月1日まで、成果目標の達成は令和11年度まで…構造が複層的ですね。
室谷
代表取締役
そうですね。事業（補助金を使った取り組み）の実施期間は令和9年3月1日まで、それで構築した仕組みによる成果（輸出額30%増など）は令和11年度に達成しているかどうかを確認する、ということです。ですから提案書には、補助終了後の中長期的な成長シナリオも書いておくといいですよ。
他の物流関連補助金との比較
佐藤
補助金エージェント編集長
同じ農林水産省の中に「物流生産性向上推進事業」という補助金もあるようですが、違いは何ですか？
室谷
代表取締役
同じ「食品等物流合理化緊急対策事業」のうち、国内向け物流効率化に特化したのが「物流生産性向上推進事業」で、輸出に特化したのが今回の「輸出物流構築事業」です。公募期間も同じで、両事業は補完関係にあります。
| 比較項目 | 輸出物流構築事業（103732） | 物流生産性向上推進事業（103733） |
|---|---|---|
| 目的 | 輸出物流の構築・強化 | 国内物流の生産性向上 |
| 主な対象 | 輸出に取り組む協議会 | 国内流通に取り組む協議会 |
| 補助上限 | 4,000万円/事業者 | 4,000万円/事業者 |
| 公募期間 | 令和8年4月22日〜5月25日 | 令和8年4月22日〜5月25日 |
| 申請窓口 | 食料システム機構 | 食料システム機構 |
佐藤
補助金エージェント編集長
同時期に公募しているんですね。両方申請はできますか？
室谷
代表取締役
同一の提案内容で複数の補助事業に重複申請することは制限されています。事業メニューが別々なら申請できる可能性もありますが、必ず事前に食料システム機構に確認してください。
重複申請に注意！
同一の提案内容で他の補助事業（農林水産省・他省庁）への申請は禁止。 補助金交付候補者として選定された場合も、他事業との重複申請は認められません。 必ず食料システム機構に事前確認してください。
基本情報まとめ
| 項目 | 内容 |
|---|---|
| 補助金名称 | 食品等物流合理化緊急対策事業のうち輸出物流構築事業 |
| 実施機関 | 農林水産省（委託先: 公益財団法人食品等持続的供給推進機構） |
| 対象地域 | 全国 |
| 公募期間 | 令和8年4月22日（水）〜5月25日（月） |
| 事業実施期間 | 交付決定日〜令和9年3月1日 |
| 補助上限額 | 1間接補助事業者あたり4,000万円（各事業） |
| 予算総額 | 4億円 |
| 申請方法 | 電子メール（Jグランツ不可） |
| 問い合わせ | 食料システム機構 業務部 (電話 03-5809-2176) |
| 公式ページ | 食料システム機構 輸出物流構築事業ページ |
よくある質問
佐藤
補助金エージェント編集長
申請前に質問したいことがあるんですが、相談窓口はありますか？
室谷
代表取締役
あります！食料システム機構では、流通合理化事業活動計画の認定書類の書き方、公募書類の記入方法、申請者の要件、補助対象設備などについて、オンラインまたは直接訪問でも相談を受け付けています。公募締め切り前に相談しておくと安心ですよ。
佐藤
補助金エージェント編集長
採択されなかったらどうなりますか？
室谷
代表取締役
補助金交付候補者に選ばれなかった旨が通知されます。審査の経過や理由については開示されませんので、次回公募（令和9年度以降）に向けて提案書の内容を練り直す材料として活用するしかないですね。
佐藤
補助金エージェント編集長
この補助金を活用するのに向いている事業者さんはどんな方ですか？
室谷
代表取締役
輸出に本格的に取り組みたいけど物流コストが課題になっている食品関連の協議会組織が最もマッチします。特に農協・漁協・食品卸・運送業者が連携して、地方港湾や空港を活用した新しい輸出ルートを開拓しようとしているグループには、ぜひチェックしてほしい補助金です。
佐藤
補助金エージェント編集長
協議会を一から作る必要があるんですよね。それはハードルが高そう…。
室谷
代表取締役
確かに、すでに取引関係のある事業者同士が集まっていれば比較的組成しやすいです。「輸出したい農協（農産物の生産・集荷）」「実際に運ぶ運送会社」「保管する倉庫会社」の3者が集まるだけでも協議会の基礎になります。代表団体は集荷・販売・輸送・保管のいずれかを行う者でなければならないので、そこを意識して声がけするといいですよ。
佐藤
補助金エージェント編集長
なるほど！協議会の旗振り役が実務系の会社である必要があるわけですね。では最後に、申請に向けた準備で今からできることを教えてください。
室谷
代表取締役
まず公募要領（ofsi.or.jp/logi-gourika/ex-kouchiku/）をダウンロードして内容を確認すること。次に、「流通合理化事業活動計画」の認定状況を確認すること。まだ取得していなければ、農林水産省に相談して手続きを始めてください。そして協議会の構成メンバーを検討して、代表団体となる事業者との連絡を取ることが先決です。公募締め切りは令和8年5月25日ですから、準備できる時間はあまり多くありません。早めに行動することをおすすめします！
佐藤
補助金エージェント編集長
ありがとうございました！まずは食料システム機構に問い合わせてみます。