「仕入控除税額報告」って何？制度の全体像
佐藤
編集長
室谷さん、今日は「令和6年度 勤務環境改善医師派遣等推進事業【仕入控除税額報告】」という、名前からして身構えるやつをお願いします。まずカッコの中、これ何なんですか？
室谷
代表取締役
そこが最大の引っかかりどころです。これは新しくお金をもらう公募の名前というより、補助金を受け取ったあとに出す仕入控除税額報告の手続きが、メニューとして立っているものなんです。
佐藤
編集長
えっ、申請じゃなくて報告！
室谷
代表取締役
制度名は「令和6年度 勤務環境改善医師派遣等推進事業【仕入控除税額報告】」、実施機関・事業名は勤務環境改善医師派遣等推進事業です。事業本体は医師派遣の支援で、このメニューはその中の報告事務という位置づけになります。
佐藤
編集長
なるほど！ 新規でお金がもらえる枠だと思い込むと危ないですね。
事業本体は何を目指しているの？
佐藤
編集長
じゃあ本体は、何を目的にした事業なんですか？
室谷
代表取締役
長時間労働の医療機関に医師を派遣するなどの取り組みを支援して、長時間労働の医師が所属し、地域で重要な役割を担う医療機関の医師の時間外・休日労働時間を短縮すること。あわせて地域医療提供体制を確保することが目的です。
佐藤
編集長
働き方改革の流れですね。
室谷
代表取締役
背景として、令和6年4月から医師に対する時間外・休日労働の上限規制の適用が始まったことが交付要綱に書かれています。根拠法令は勤務環境改善医師派遣等推進事業実施要綱と、同補助金交付要綱の2つです。
佐藤
編集長
法律の名前が2つ並ぶと急に硬くなるなあ。
東京都の制度なのに、なぜ香川県の要綱が出てくる？
佐藤
編集長
調べていたら香川県の要綱が出てきて、頭がこんがらがったんですけど。
室谷
代表取締役
よく気づきました。基本情報では対象地域は東京都、公式URLはjGrantsのページ、問い合わせ先も東京都保健医療局です。一方で、同じ制度名の交付要綱が香川県からも公表されていて、要件や算定方法が細かく載っています。
佐藤
編集長
同じ名前の制度が県ごとにある、と。
室谷
代表取締役
なので以降、香川県の要綱の中身は「香川県が公表する交付要綱では」と出典を添えて紹介します。東京都版の細かい要件や金額は公募要領で要確認です。ここを混ぜると誤解のもとになります。
佐藤
編集長
了解です！ 香川県版は香川県版として聞きますね。
医師の派遣を支える
長時間労働の医療機関へ医師を派遣する取り組みを支援
受入側と派遣側の両方が対象
派遣を受け入れる医療機関と、医師を送り出す医療機関の経費が対象
報告メニューが独立している
仕入控除税額報告の手続きがメニューとして立っている
対象地域は東京都
基本情報では対象地域は東京都、問い合わせ先も東京都保健医療局
いくらもらえる？補助率と算定のしくみ
佐藤
編集長
ここが一番気になるところです。いくら出るんですか？
室谷
代表取締役
まず基本情報を見てください。補助率は10/10、ただし資産形成経費は9/10と書かれています。驚きですよね。
佐藤
編集長
10/10って全額ですよね？ ほんとに？
室谷
代表取締役
基本情報の記載としてはそうなります。ただし、資産形成経費という区分になると9/10になります。そして上限額は「—」で示されていません。ここは公募要領で要確認です。
補助率の区分を表で確認
| 項目 | 内容 |
|---|---|
| 補助率（一般） | 10/10 |
| 補助率（資産形成経費） | 9/10 |
| 補助上限 | 公表なし（公募要領で要確認） |
| 対象地域 | 東京都 |
| 対象業種 | 医療、福祉 |
| 募集期間 | 2025年10月29日〜2026年10月2日 |
| 公式URL | https://www.jgrants-portal.go.jp/subsidy/a0WfQ000003IBL3UAO |
佐藤
編集長
表にすると一気にわかりやすい！ でも上限がないって、青天井ってことですか？
室谷
代表取締役
そこは注意です。香川県の要綱では、算定した額と「総事業費から寄付金その他の収入額を控除した額」を比べて、少ない方を補助額とする、という調整が入っています。どれだけ経費がかかっても、その分まるまる出るわけではありません。
佐藤
編集長
なるほど、ちゃんとストッパーがあるんですね。
受入側と派遣側で算定方法が違う
佐藤
編集長
実際の金額の出し方を教えてください。
室谷
代表取締役
香川県が公表する交付要綱では、受入側と派遣側で算定のやり方が分かれています。まず派遣を受け入れる医療機関は、受入医師1人当たり150千円を標準単価として、対象経費と比較して少ない方の額を選ぶ、とされています。1,000円未満の端数が出たら切り捨てです。
佐藤
編集長
15万円が1人分の目安、と。
室谷
代表取締役
もう一方の派遣する医療機関は、派遣医師1人当たり1,250千円に派遣月数を掛けて得た額を選ぶ、と書かれています。
佐藤
編集長
1,250千円！ 月数が掛かるなら、まとまった額になりますね。
週32時間で「1人」と数えるルール
佐藤
編集長
その「1人」って、どう数えるんですか？ 非常勤だとややこしそうです。
室谷
代表取締役
香川県の要綱では、派遣医師は1週間の勤務時間が32時間で1人と数えます。32時間を超える場合も32時間未満の場合も、その勤務時間を32で割って人数を出します。
佐藤
編集長
じゃあ週16時間なら0.5人、と。
室谷
代表取締役
そうです。さらに勤務時間が1週間サイクルでないときは調整します。たとえば1月の勤務サイクルなら1/4を掛けて1週間あたりに直す、と例示されています。
佐藤
編集長
そこまで細かく決まってるのか。ここも東京都版は要確認ですか？
室谷
代表取締役
はい、東京都版は公募要領で要確認です。数字だけ独り歩きさせないようにしましょう。
派遣受入医療機関
- 受入医師1人当たり150千円が標準単価
- 対象経費と比較して少ない方の額
- 1,000円未満の端数は切り捨て
派遣医療機関
- 1,250千円に派遣月数を乗じた額
- 派遣医師は週32時間で1人と換算
- 対象経費は医師派遣に係る逸失利益
誰が対象？受入側・派遣側の条件
佐藤
編集長
次は対象です。どんな医療機関が関われるんですか？
室谷
代表取締役
香川県の要綱では、まず「派遣を受け入れる医療機関」と「医師を派遣する医療機関」に分けて整理されています。片方だけでは成り立ちません。
佐藤
編集長
つまりペアがいる、と。
受入側になれる医療機関は3タイプ
佐藤
編集長
受入側の条件を具体的にお願いします。
室谷
代表取締役
香川県の要綱では3つの型が挙がっています。1つめは特定機能病院、地域医療支援病院、救命救急センター、周産期母子医療センター、へき地医療拠点病院、地域がん拠点病院など、地域医療に特別な役割がある医療機関です。
佐藤
編集長
名前を聞いたことがある病院ばかりですね。
室谷
代表取締役
2つめは、地域医療の確保に必要な医療機関であって、5疾病6事業で重要な医療を提供しているところ。3つめは、在宅医療において特に積極的な役割を担う医療機関です。いずれも交付要件を満たすことが前提になります。
佐藤
編集長
へえ、在宅医療も入ってくるんだ。
派遣する側はどこでもいいの？
佐藤
編集長
医師を送り出す側の条件は？
室谷
代表取締役
派遣医療機関は、さきほどの要件を満たす派遣受入医療機関に医師を派遣する医療機関、と定義されています。定義だけ見るとシンプルですね。
佐藤
編集長
じゃあ送り出すほうは緩いんですか？
室谷
代表取締役
定義はそうですが、対象事業や対象経費、交付要件は別途かかってきます。ここも東京都版は公募要領で要確認です。
「医療、福祉」ってどこまで含む？
佐藤
編集長
基本情報では対象業種が「医療、福祉」となっていますが、福祉事業所でもいけるんですか？
室谷
代表取締役
対象業種として医療と福祉が挙がっているのは事実です。使途は「雇用・職場環境を改善したい」「設備整備・IT導入をしたい」と整理されています。
佐藤
編集長
へえ、設備整備やIT導入の枠もあるんだ。
室谷
代表取締役
ただし対象地域は東京都ですし、制度の目的は医師の時間外・休日労働時間の短縮と地域医療提供体制の確保です。まずはその目的に沿う医療機関かどうかを確認してください。細かい範囲は公募要領で要確認です。
佐藤
編集長
なるほど！ 目的から逆算して考えればいいんですね。
交付要件のハードルはどこ？
佐藤
編集長
ここからが本番ですね。要件で引っかかりそうなところを順番に教えてください。
室谷
代表取締役
香川県の要綱では交付要件が4つに分かれています。まず押さえたいのは「双方が確認した医師派遣であること」を明らかにするという考え方です。
佐藤
編集長
口約束じゃダメってことですね。
相手方の確認と、責任者の配置
室谷
代表取締役
補助を受けるにあたって、事前に医師派遣の相手方の医療機関の確認を得ておくこと。これが第一の要件です。
佐藤
編集長
事前に、というのがポイントですね。
室谷
代表取締役
そして派遣を受け入れる医療機関は、勤務医の負担の軽減と処遇の改善のため、勤務医の勤務状況の把握と、その改善の必要性などを提言するための責任者を配置すること、が求められます。
佐藤
編集長
誰かがちゃんと見る体制を作っておけ、と。
室谷
代表取締役
そうです。人が足りないから医師を呼びたい、というだけでは要件を満たさないんですね。
960時間・720時間・36協定のライン
佐藤
編集長
数字の要件もあると聞きました。ここが一番ややこしそうなんですけど。
室谷
代表取締役
受入側は、年の時間外・休日労働が960時間を超える、または超えるおそれがある医師を雇用していて、36協定において全員または一部の医師の年の時間外・休日労働時間の上限が720時間を超える協定を締結していること、が要件です。
佐藤
編集長
960と720、ごっちゃになりそう。
室谷
代表取締役
そこは要綱に補足があります。「年の時間外・休日労働が960時間を超えるおそれがある医師を雇用している医療機関」というのは、「年の時間外・休日労働が720時間を超え、960時間以下の医師を雇用している医療機関」を指す、と。
佐藤
編集長
なるほど！ 境目の書き方が独特ですね。
室谷
代表取締役
なので、自院の医師がどの区分に入るのかを、勤務実績と36協定の両方から確認しておく必要があります。
委員会と医師労働時間短縮計画、G-MIS登録
佐藤
編集長
あと委員会とかG-MISとか、聞き慣れない言葉が出てきたんですが。
室谷
代表取締役
受入側は、医療機関内に多職種からなる役割分担推進のための委員会または会議を設置し、「医師労働時間短縮計画作成ガイドライン」に基づいて「医師労働時間短縮計画」を作成することが求められます。
佐藤
編集長
計画を作るだけでは終わらないんですよね？
室谷
代表取締役
特定労務管理対象機関においては、その計画をG-MISに登録すること。さらに、その委員会等は、計画の達成状況を評価する際や、その他適宜必要に応じて開催していること、が要件です。
佐藤
編集長
作って終わりじゃなくて、運用も見られるんだ。
室谷
代表取締役
静岡県のページでも、医師労働時間短縮計画の様式やガイドラインが案内されています。計画の実効性が問われるところです。
対象になる経費・ならない経費
佐藤
編集長
具体的に何に使えるのか、そろそろ知りたいです。
室谷
代表取締役
香川県の要綱では、受入側と派遣側で対象経費が分かれています。ここを間違えると、せっかくの事業が対象外になりかねません。
受入側で対象になる経費
佐藤
編集長
受け入れる側は何が対象ですか？
室谷
代表取締役
「派遣医師を受け入れるための準備に必要となる経費」が対象とされています。
佐藤
編集長
準備に必要なもの、と。わりと広そうに見えますけど。
室谷
代表取締役
ただし対象事業そのものが「派遣受入医療機関の医師の労働時間短縮に向けた取組として、医師派遣等を推進する事業」と定義されています。この目的から外れるものは対象になりません。東京都版の対象経費は公募要領で要確認です。
派遣側は「逸失利益」
佐藤
編集長
送り出す側は何が対象なんですか？
室谷
代表取締役
派遣医療機関に係る経費として「医師派遣に係る逸失利益」が挙げられています。医師を送り出すことで得られなくなった利益を補う、という考え方ですね。
佐藤
編集長
利益を補うという発想は、ちょっと意外かも。
室谷
代表取締役
派遣元が持ち出しになってしまうと派遣が進まないので、そこを支える設計になっていると読めます。ここも東京都版は公募要領で要確認です。
対象外になる派遣の3パターン
佐藤
編集長
逆に、これはダメというパターンはありますか？
室谷
代表取締役
香川県の要綱では3つ挙げられています。同一法人間の医師派遣、都道府県をまたぐ医師派遣、そして医師不足地域等への医師派遣を引き揚げて行う当該医師派遣です。
佐藤
編集長
都道府県をまたぐのがダメなのは、地域の医療を守る制度だからですかね。
室谷
代表取締役
そう読めますね。地域の中で医師を回して時間外労働を減らす、という発想です。ここも東京都版は公募要領で要確認です。
佐藤
編集長
自院グループ内で人を動かす、みたいな発想だと弾かれそうですね。
メリット
- 派遣医師を受け入れるための準備に必要となる経費(受入側)
- 医師派遣に係る逸失利益(派遣側)
×デメリット
- 同一法人間の医師派遣
- 都道府県をまたぐ医師派遣
- 医師不足地域等への医師派遣を引き揚げて行う当該医師派遣
申請から報告までの流れを見てみよう
佐藤
編集長
ここからは実務ですね。まず何から始めればいいんですか？
室谷
代表取締役
公式URLはjGrantsのページですから、電子申請の入口はGビズIDになります。GビズIDを取得してから申請画面に進む流れです。
佐藤
編集長
まずID取得から、と。
まずGビズIDを取得する
佐藤
編集長
GビズIDって、すぐ取れるものなんですか？
室谷
代表取締役
取得した一次情報では、GビズIDのメンテナンス告知が表示されていました。期間中はすべての機能が使えない、という案内です。
佐藤
編集長
えっ、そういうことがあるんですね。
室谷
代表取締役
あります。締切直前に慌てて動くと、こうしたメンテナンスに足をすくわれます。余裕を持って準備しておくのが安全です。
佐藤
編集長
肝に銘じておきます！
交付申請から実績報告までの流れ
佐藤
編集長
書類は何を出すんですか？
室谷
代表取締役
香川県の要綱では、補助金交付申請書（第1号様式）に必要な書類を添えて、別に定める期日までに提出します。知事が内容を審査して、適当と認めれば条件を付して交付決定し、通知する流れです。
佐藤
編集長
途中で予定が変わったら？
室谷
代表取締役
事業内容を変更する場合や、中止・廃止する場合は、知事の承認を受ける必要があります。承認申請書は第2号様式、交付請求は第3号様式とされています。
佐藤
編集長
そして最後に実績報告ですか？
室谷
代表取締役
はい。事業が完了したら、完了の日から起算して1月を経過した日、または翌年度4月5日のいずれか早い日までに、実績報告書（第4号様式）を提出します。完了したらすぐ動くのがコツです。
最後に待っているのが仕入控除税額報告
佐藤
編集長
そしてタイトルにもある仕入控除税額報告ですね。
室谷
代表取締役
そうです。香川県の要綱では、事業完了後に消費税及び地方消費税の申告によって補助金に係る仕入控除税額が確定した場合、0円の場合も含めて所定の様式で速やかに、遅くとも補助事業完了日の属する年度の翌々年度6月30日までに知事へ報告しなければならない、とされています。
佐藤
編集長
翌々年度の6月30日！ これは忘れそうです。
室谷
代表取締役
しかも、仕入控除税額があることが確定したら、その額を県に返還しなければならない、と定められています。静岡県のページでも「消費税仕入控除税額等報告書」という様式が案内されていますよ。
佐藤
編集長
もらって終わりじゃないんだ。そこがこの制度名の意味なんですね。
- 1GビズIDを取得電子申請の入口。メンテナンス期間があるので早めに準備
- 2公募要領を確認東京都版の要件・対象経費・期日はここで確認
- 3交付申請書を提出必要な書類を添えて期日までに提出(第1号様式の例)
- 4交付決定を受ける内容を審査のうえ、条件を付して決定・通知
- 5事業を実施調達は原則一般競争入札、複数見積もりが必要
- 6実績報告書を提出完了日から1月経過日か翌年度4月5日の早い日まで
- 7仕入控除税額を報告確定したら速やかに、遅くとも翌々年度6月30日まで
- 2025年10月29日募集期間の開始jGrantsに掲載された募集期間の始まり
- 2026年10月2日募集期間の終了基本情報で示された期間の終わり。詳細は公募要領で要確認
- 実績報告完了日から1月経過日翌年度4月5日とのいずれか早い日まで(香川県要綱の例)
- 完了年度の翌々年度6月30日仕入控除税額報告確定した場合は速やかに、遅くともこの日まで
審査のポイントとつまずき対策
佐藤
編集長
ここまでの話を聞いて、手を動かす前に知っておきたい落とし穴がありそうだなと思いました。
室谷
代表取締役
いい着眼点です。香川県の要綱には交付の条件が細かく並んでいて、まさにそこがつまずきポイントになります。
調達は原則一般競争入札、見積もりは複数
佐藤
編集長
お金の使い方にもルールがあるんですよね？
室谷
代表取締役
事業を実施するために必要な調達を行う場合は、原則として一般競争入札によること。そして契約しようとするときは、契約の内容その他見積に必要な事項を示して、複数の者から見積書を提出させなければならない、と定められています。
佐藤
編集長
一社だけから見積もりを取ってたらアウトなんですね。
室谷
代表取締役
アウトになり得ます。あわせて、事業を行うために建設工事の完成を目的として締結する契約では、相手方が工事を一括して第三者に請け負わせることを承諾してはいけない、という条件もあります。
佐藤
編集長
丸投げはダメ、と。
帳簿と証拠書類は5年間保管
佐藤
編集長
書類はどのくらい残しておくんですか？
室谷
代表取締役
収入及び支出を明らかにした帳簿を備え、収入と支出について証拠書類を整理し、それらを事業完了の日（中止や廃止の承認を受けた場合はその承認を受けた日）の属する年度終了後、5年間保管しなければならない、とされています。
佐藤
編集長
5年！ 担当者が替わっても引き継げる形にしておかないと。
室谷
代表取締役
まさにそこです。報告の期限が翌々年度の6月30日まであるので、保管期間の途中で仕入控除税額報告の作業が発生します。書類が散らかっていると、ここで詰みます。
佐藤
編集長
ゾッとする話だ……。
買った機械器具の扱いと重複受給
佐藤
編集長
買ったものは自由にしていいんですか？
室谷
代表取締役
いえ。事業によって取得し、または効用が増加した財産の価格が、単価50万円（民間団体にあっては30万円）以上の機械及び器具については、定められた期間を経過するまで、知事の承認を受けないで目的に反して使用したり、譲渡・交換・貸付け・担保に供したりしてはいけない、とされています。
佐藤
編集長
意外と重い制約ですね。
室谷
代表取締役
さらに、知事の承認を受けて財産を処分して収入があった場合は、その収入の全部または一部を納付することがある、という条件も付いています。あと見落としやすいのが、この補助金の交付と対象経費を重複して他の補助金等の交付を受けてはいけない、という点です。
佐藤
編集長
二重取りはダメ、と。当たり前だけど明記されてるんですね。
よくある質問
佐藤
編集長
ここまでで大枠は見えました。細かい疑問を潰していっていいですか？
室谷
代表取締役
どうぞ。ここまでの内容で答えられる範囲でお答えします。
締切と対象地域をもう一度確認
佐藤
編集長
募集期間をもう一度教えてください。
室谷
代表取締役
基本情報では募集期間は2025年10月29日から2026年10月2日まで、対象地域は東京都です。
佐藤
編集長
1年近くあるんですね。
室谷
代表取締役
そうなんです。ただしこれはjGrantsに掲載されている期間ですから、実際の提出期日は公募要領で要確認です。期間が長いからといって、後回しにするのは危険です。
佐藤
編集長
ですよね。準備に時間がかかるタイプの制度だし。
東京都以外でも使えるの？
佐藤
編集長
香川県の要綱があるなら、香川県でも使えるんですか？
室谷
代表取締役
同じ制度名の交付要綱が複数の自治体から公表されています。ただし、今回の基本情報で対象地域として示されているのは東京都です。自分の地域で使いたい場合は、その自治体の窓口で確認するのが確実です。
佐藤
編集長
勝手に「全国で使える」と解釈しちゃいけませんね。
問い合わせ先はどこ？
佐藤
編集長
最後に相談先を教えてください。
室谷
代表取締役
東京都保健医療局 医療政策部 医療人材課 人材計画担当、ご担当は山家さんと松岡さんです。郵送先は〒163-8001 新宿区西新宿二丁目8番1号、東京都保健医療局 医療政策部 医療人材課 人材計画担当です。
佐藤
編集長
メールと電話もお願いします。
室谷
代表取締役
メールは S1150404@section.metro.tokyo.jp、電話は03-5320-4441（直通）です。
佐藤
編集長
ありがとうございます！ 要件の解釈で迷ったら、ここに聞けばいいんですね。
まとめ
佐藤
編集長
長い旅でした……。最後に、この制度を一言でいうと何なんですか？
室谷
代表取締役
医師の時間外・休日労働時間を短縮するために、医療機関どうしで医師を派遣し合う取り組みを支える制度。そして今回のメニューは、その後の仕入控除税額報告の手続きだ、というのが結論です。
佐藤
編集長
なるほど。申請して終わりじゃなくて、報告までがワンセットなんですね。
室谷
代表取締役
そこが一番の落とし穴です。翌々年度6月30日という期限は、担当者が変わっていても忘れがちです。
佐藤
編集長
室谷さん、今日はありがとうございました！ まずは東京都の公募要領を確認するところから始めます。