電子カルテ導入で3/4補助！東京都の診療所向け令和8年度補助金とは？
佐藤
補助金エージェント編集長
室谷さん、東京都が令和8年度に診療所向けの電子カルテ補助金を出しているって聞いたんですけど、これってどんな制度なんですか？
室谷
代表取締役
ほんとに美味しい制度で、私も医療関係のクライアントさんによく紹介しています！正式名称は「令和8年度診療所診療情報デジタル推進事業」といって、東京都保健医療局が実施しているんですが、補助率が3/4という破格の設定が最大の特徴です。
佐藤
補助金エージェント編集長
3/4って、めちゃくちゃ高くないですか！？普通の補助金って1/2とか2/3が多いイメージなんですけど。
室谷
代表取締役
そうなんです！一般的な補助金の補助率は1/2〜2/3が多いんですが、この制度は3/4なので、電子カルテ導入コストの実質負担が1/4まで圧縮されるんですよ。たとえば400万円の電子カルテを入れるとしたら、補助後の自己負担はざっくり100万円程度になる計算です。
佐藤
補助金エージェント編集長
えっ、それはすごい！対象は東京都内の診療所ということですよね？
室谷
代表取締役
はい、東京都内に所在する医科診療所が対象です。歯科や薬局は残念ながら対象外で、あくまで医科の診療所専用の制度です。歯科向けには別の補助制度があるので、そちらで確認するのがいいですね。
佐藤
補助金エージェント編集長
医科の診療所ってことは、内科とか小児科とかそういうクリニックですよね？
室谷
代表取締役
そうです。整形外科でも皮膚科でも、医科として開設している診療所であれば基本的に対象になります。ポイントは電子カルテシステムの新規導入または更新を行うことです。すでに電子カルテを使っているクリニックでも、老朽化して更新するタイミングであれば申請できる可能性があります。
佐藤
補助金エージェント編集長
それは既存のクリニックにも嬉しい話ですね。申請期間はいつまでなんですか？
室谷
代表取締役
2026年4月14日から2027年8月31日までと、かなり長期間設定されています。約1年4ヶ月も受け付けているので、ベンダー選定や院内の体制整備に時間をかけながら申請を進められるのが助かるポイントですね。ただし年度末は申請が集中しますから、早めに動くに越したことはないです！
補助基準額の計算方法 — 病床数で変わる二段階設計
佐藤
補助金エージェント編集長
補助額の具体的な計算はどうなるんですか？診療所の規模によって違うって聞いたんですが。
室谷
代表取締役
はい、5床未満と5床以上で基準額の計算が異なる二段階設計になっています。まず5床未満の無床または小規模有床診療所は、一律で補助基準額が300万円（3,000千円）です。
佐藤
補助金エージェント編集長
一律で300万円！それは計算しやすいですね。
室谷
代表取締役
そうです。一方、5床以上の有床診療所は「605千円×病床数」という計算になります。たとえば10床の診療所なら605千円×10で6,050千円、つまり605万円が基準額です。診療所の最大病床数は19床なので、19床なら605千円×19で1,149.5万円、ざっくり1,150万円くらいが基準額になります。
佐藤
補助金エージェント編集長
え、19床だと1,150万円近くが基準額になるんですか。これって全額もらえるわけじゃないですよね？
室谷
代表取締役
補助額の計算はちょっと複雑で、実際の補助額は以下の手順で決まります。まず「補助基準額」と「対象経費の実支出額」の低い方を選びます。次にその金額と「総事業費から寄附等を除いた金額」を比較して、また低い方を選びます。そして最終的に、その選んだ金額に補助率3/4を掛けた金額が補助額です。
佐藤
補助金エージェント編集長
なるほど、基準額の上限内で実際に使った経費の3/4が出るイメージですね。
室谷
代表取締役
そういうことです！だから実際にかかる費用をしっかり計上して申請することが大切で、対象経費を漏れなく積み上げることで補助額を最大化できます。
| 病床区分 | 補助基準額 | 実際の補助額（例） |
|---|---|---|
| 5床未満（無床含む） | 300万円（一律） | 実支出300万円なら補助額225万円 |
| 5床以上 10床 | 605万円（60.5万円×10） | 実支出600万円なら補助額450万円 |
| 5床以上 19床（最大） | 約1,150万円 | 実支出1,000万円なら補助額750万円 |
| 補助率 | 3/4（75%） | — |
佐藤
補助金エージェント編集長
わかりやすい。では次に、実際にどんな費用が対象になるのかを教えてもらえますか？
対象経費と対象外経費 — 何が補助されて何が補助されないか
佐藤
補助金エージェント編集長
電子カルテ関連といってもいろんな費用がありそうですが、補助対象になるのはどんな経費ですか？
室谷
代表取締役
対象経費は大きく5カテゴリに分かれます。まず電子カルテシステム本体の費用—ソフトウェアのライセンス費、サーバー機器費、クラウド型なら初期導入費などです。次に導入支援・カスタマイズ費として、システム設定費や院内ネットワーク構築費、既存システムとの連携工事費も対象になります。
佐藤
補助金エージェント編集長
院内ネットワーク工事も含まれるんですか。それは大きいですね。
室谷
代表取締役
そうなんです！さらに、紙カルテや既存電子データのデータ移行費、医師・看護師・事務員向けの職員研修費、そして導入初年度のベンダー保守費やヘルプデスク費用も対象経費に含まれます。電子カルテ導入にかかる一連のコストをまとめて申請できる設計ですね。
佐藤
補助金エージェント編集長
一方、絶対に対象にならない経費はどんなものですか？
室谷
代表取締役
最重要な禁止事項は「交付決定前に契約・発注した費用は一切対象外」という点です。これが申請失敗の最大原因になるので強調しておきます。それ以外では、汎用品（業務以外でも使える普通のパソコンやタブレット）、消費税、電子カルテと無関係な事務システム費用、院内BGMや防犯カメラなど医療業務外の設備、コンサルティング費用なども対象外です。
交付決定前の契約・発注は絶対NG！
本制度の最重要ルール：交付決定通知を受け取る前にベンダーと正式契約してはいけません。「内示が出たから大丈夫だろう」と思って契約を進めると、補助対象外になる可能性があります。ベンダーには「交付決定後の正式契約」を前提として見積を取得してください。
佐藤
補助金エージェント編集長
クラウド型の電子カルテって最近多いと思うんですけど、月額の利用料は対象になりますか？
室谷
代表取締役
クラウド型の場合、初期導入費（初期設定費・データ移行費・職員研修費）は対象になります。月額利用料については補助期間内の分のみが対象になり得ますが、継続費用の部分は複雑なので、東京都保健医療局への事前照会で精査することをお勧めします。
申請の流れ — 交付決定前に動いてはいけない
佐藤
補助金エージェント編集長
実際に申請するにはどういう手順で進めればいいんですか？
室谷
代表取締役
大きく5つのステップで進みます。準備から導入完了まで説明しますね。
佐藤
補助金エージェント編集長
ステップ4の交付決定が来る前は正式契約できないってことは、交付決定まで何ヶ月くらいかかるんですか？
室谷
代表取締役
公式な標準審査期間は明示されていませんが、書類が揃っていれば数週間〜2ヶ月程度が目安と考えておくとよいでしょう。申請が集中する時期は長引く可能性もあります。だからこそ、ベンダーには「交付決定後の正式契約を前提とした見積」を最初から明示して取得しておくのがポイントです。
申請を通すためのポイント — 審査官が見ているポイント
佐藤
補助金エージェント編集長
せっかく申請するなら一発で通したいですよね。審査で評価されるポイントってどこですか？
室谷
代表取締役
採択率を上げるための鍵は3点あります。まず、標準規格（HL7 FHIR）対応の電子カルテを選定すること。この制度の本旨が「診療情報の共有・連携を促進すること」なので、標準規格に対応したシステムを選ぶことが制度の目的と合致します。単にIT化したいだけじゃなく、地域医療連携に貢献する意思を示せるかが重要です。
佐藤
補助金エージェント編集長
なるほど、地域連携という観点が大事なんですね。
室谷
代表取締役
そうです！2点目は東京総合医療ネットワークなどへの参加計画を申請書に盛り込むこと。東京都が力を入れている地域医療連携ネットワークへの参加意向を示すことで、都の政策方向性との一致を示せます。3点目は複数ベンダーからの相見積取得です。1社だけの見積だと価格妥当性の担保が難しくなるので、最低2〜3社から取って選定理由を文書化してください。
採択確率を上げる3つのポイント
- 標準規格（HL7 FHIR等）対応：地域医療連携の実現可能性を示す
- 地域医療連携への参加計画：東京総合医療ネットワーク等への参加意向を明示
- 複数社の相見積：最低2〜3社比較で価格妥当性を担保、選定理由を文書化
佐藤
補助金エージェント編集長
導入後の運用についても申請段階で考えておいたほうがいいですか？
室谷
代表取締役
絶対にそうです！電子カルテって、導入よりも運用定着がむずかしいんですよ。職員研修計画・ベンダーサポート体制・運用ルール策定を申請段階から具体化しておくことで、「確実に使いこなせる体制がある」と評価者に示せます。導入したけど結局使いこなせなかった、というケースは医療現場でよくある話なので、そこを先手を打って対策していることをアピールできると強いです。
診療所タイプ別の活用シナリオ
佐藤
補助金エージェント編集長
どんな診療所がこの制度に一番向いているんですか？具体的なイメージを教えてもらえますか。
室谷
代表取締役
3つのパターンが典型的ですね。まず紙カルテ運用の無床診療所（内科・小児科等）。300万円の基準額をフルに使えば、クラウド型電子カルテの導入費・データ移行・職員研修込みで申請して、自己負担を75万円程度まで圧縮するシナリオが描けます。
佐藤
補助金エージェント編集長
75万円か、これなら投資判断できる院長さんも多そうですね！
室谷
代表取締役
そうなんです！次のパターンは老朽化した電子カルテをリプレイスしたい有床診療所。たとえば10床なら基準額605万円を使って、オンプレミスからクラウドへの切替費用・データ移行費・院内ネットワーク再構築費をまとめて申請する形です。実質負担を150〜200万円に抑えながら最新システムへ更新できます。3つ目は小児科でデジタル化を進めたいクリニック。予防接種スケジュール管理や成長記録など小児科特有の業務を電子化しつつ、母子手帳アプリ等との連携機能も補助対象として申請する方法があります。
佐藤
補助金エージェント編集長
小児科でもこの制度が使えるのは知らなかったです！次に、対象外になるケースも教えてもらえますか？
室谷
代表取締役
対象外の典型例は、歯科診療所・薬局・病院（病院は別の補助制度があります）、それから東京都以外の医科診療所。また申請書に国の同種補助金との重複受給がないことを示す必要があるので、すでに国の医療情報化支援基金（標準型電子カルテ普及事業）を受けている場合は重複不可になります。
補助対象経費の詳細テーブル
佐藤
補助金エージェント編集長
補助対象経費をもう少し詳しく整理してもらえますか？
室谷
代表取締役
はい、5カテゴリと具体的な費目を表にまとめます。
| 経費カテゴリ | 対象となる具体的費目 |
|---|---|
| 電子カルテシステム本体 | ソフトウェアライセンス費、サーバー機器費、クラウド型初期導入費 |
| 導入支援・カスタマイズ費 | システム設定費、院内ネットワーク構築費、既存システム連携工事費 |
| データ移行費 | 紙カルテ・既存電子データの移行費、マスタ整備・初期データ投入費 |
| 職員研修費 | 医師・看護師・事務員向け操作研修費、運用マニュアル作成費 |
| 保守・サポート費 | 導入初年度のベンダー保守費、ヘルプデスク利用料（補助期間内分） |
佐藤
補助金エージェント編集長
わかりやすい！逆に絶対対象外になる費用のチェックリストも欲しいですね。
室谷
代表取締役
もちろんです。申請前に必ずこれを確認してください。
対象外経費チェックリスト — 申請前に必ず確認
- 交付決定前の契約・発注：これが最大の失点要因
- 汎用品（業務外でも使えるPC・タブレット）：医療専用機器でないものは対象外
- 消費税・地方消費税：税額は補助対象外
- 電子カルテと無関係なシステム：受付管理専用・予約専用などで連携なし
- 医療業務外設備：防犯カメラ・BGMシステム等
- 申請書類作成コンサルタント費用：行政書士等の報酬は対象外
- 国・他自治体の同種補助金で支援済みの費用：重複受給不可
よくある質問（FAQ）
佐藤
補助金エージェント編集長
申請前に気になるポイントをQ&A形式で整理しておきましょうか。読者の方が一番疑問に思いそうなことを聞いてみます。まず「すでに電子カルテを導入している場合は？」
室谷
代表取締役
既存の電子カルテからのリプレイス（更新）も対象になり得ます！ただし「軽微なバージョンアップ」と「実質的なシステム更新」は判断が分かれることがあるので、標準規格対応や地域連携機能の追加など機能的な向上を伴う更新であることを明確にして、東京都保健医療局に事前確認するのが確実です。
佐藤
補助金エージェント編集長
「申請期間が長いけどいつ出すべき？」という声もありそうです。
室谷
代表取締役
2026年4月14日から2027年8月31日まであります。でも「まだ時間ある」と後回しにすると、ベンダー繁忙期や年度末の審査集中に巻き込まれることがあります。ベンダー見積が揃い次第すぐに申請するのが現実的で、2026年度中（2027年3月まで）に申請するのが安全圏です。
佐藤
補助金エージェント編集長
GビズIDって必要ですか？
室谷
代表取締役
jGrantsから申請する場合はGビズIDが必要になります。GビズIDの取得には2〜3週間かかることがあるので、申請を決めたら早めに取得手続きを進めておくことをお勧めします。GビズIDはGビズIDの公式サイトから申請できます。
佐藤
補助金エージェント編集長
「IT導入補助金と併用できますか？」という質問もよく聞きますよね。
室谷
代表取締役
電子カルテ本体の経費を二重申請することはできません。ただし対象経費が重複しなければ併用可能なケースがあります。たとえば、IT導入補助金で予約システムやオンライン診療設備を別途整備するなら、経費の重複がなければ両方申請できる可能性があります。重複判定は東京都保健医療局への事前照会で確定させてください。
佐藤
補助金エージェント編集長
申請書類ってどこから入手するんですか？
室谷
代表取締役
東京都保健医療局の公式ページから最新の交付要綱・申請様式・記入要領がダウンロードできます。書き方がわからない場合は医療政策課（03-5320-4448）に電話で確認するのが一番早いです。
病院向け制度との比較
佐藤
補助金エージェント編集長
病院向けにも似たような制度があると聞いたんですが、どう違うんですか？
室谷
代表取締役
はい、東京都には診療所向けのこの制度とは別に、令和8年度病院診療情報デジタル推進事業（電子カルテシステムの整備）もあります。こちらは病院（20床以上）が対象です。
| 項目 | 診療所向け（本制度） | 病院向け（参考） |
|---|---|---|
| 対象施設 | 医科診療所（19床以下） | 病院（20床以上） |
| 補助率（200床未満） | 3/4 | 3/4 |
| 補助率（200床以上） | — | 1/2 |
| 制度名 | 診療所診療情報デジタル推進事業 | 病院診療情報デジタル推進事業 |
| 申請期間 | 2026年4月14日〜2027年8月31日 | 〜2026年7月31日 |
佐藤
補助金エージェント編集長
診療所と病院でしっかり分かれているんですね。
室谷
代表取締役
そうなんです。診療所は最大19床なので、「自分は診療所なのか病院なのか」の区分を最初に確認しておくことが大切です。19床以下なら診療所向けのこの制度、20床以上なら病院向けが対象になります。
佐藤
補助金エージェント編集長
東京都には他にも医療DX関連の補助金があるんですか？
室谷
代表取締役
あります！関連する制度も合わせて確認しておくと、組み合わせや選択肢が広がります。
| 制度名 | 対象 | 詳細 |
|---|---|---|
| 令和8年度診療所診療情報デジタル推進事業（本制度） | 医科診療所（19床以下） | 電子カルテ導入、補助率3/4 |
| 令和8年度病院診療情報デジタル推進事業（電子カルテシステムの整備） | 病院（20床以上） | 電子カルテ、補助率3/4〜1/2 |
| 令和8年度病院診療情報デジタル推進事業（事務作業支援） | 病院（20床以上） | 事務作業支援システム |
| 令和8年度医療機関診療情報デジタル導入支援事業 | 医療機関全般 | デジタル導入支援 |
| 令和８年度東京都医療ＤＸ人材育成支援事業 | 医療機関 | 医療DX人材育成 |
制度を使う前の3つの自己確認
- 医科診療所ですか？（歯科・薬局・病院は対象外）
- 東京都内ですか？（都外のクリニックは対象外）
- 電子カルテの新規導入または実質的な更新を予定していますか？（軽微なバージョンアップは要確認）
申請に向けた準備チェックリスト
佐藤
補助金エージェント編集長
じゃあ、実際に申請しようと動き出したときの最初のアクションは何ですか？
室谷
代表取締役
まず交付要綱をダウンロードして一読することです。その次に、自院の病床数で補助基準額を確認し、複数ベンダーへの見積依頼メールを送るという流れで動き始めてください。
佐藤
補助金エージェント編集長
GビズIDの取得も忘れないようにしないといけないですね。
室谷
代表取締役
大事です！GビズIDは取得に時間がかかるので、他の準備と並行して早めに申請しておくことをお勧めします。あとは、申請書に記載する「地域医療連携への参加計画」を院長先生に事前に考えておいてもらうと、書類作成がスムーズになります。
制度概要まとめ
佐藤
補助金エージェント編集長
最後に基本情報をまとめてもらえますか？
室谷
代表取締役
電子カルテ導入を検討している東京都内の医科診療所の先生、ぜひこの表を保存しておいてください！
| 項目 | 内容 |
|---|---|
| 制度名 | 令和8年度診療所診療情報デジタル推進事業 |
| 実施機関 | 東京都保健医療局医療政策部医療政策課 |
| 対象 | 東京都内の医科診療所 |
| 補助率 | 3/4 |
| 補助基準額（5床未満） | 300万円（一律） |
| 補助基準額（5床以上） | 60.5万円×病床数 |
| 申請受付期間 | 2026年4月14日〜2027年8月31日 |
| 問い合わせ電話 | 03-5320-4448（東京都保健医療局医療政策課） |
| 公式ページ | 東京都保健医療局 |
| jGrants掲載 | jGrants補助金詳細 |
佐藤
補助金エージェント編集長
補助率3/4で、5床未満なら一律300万円の基準額か。東京都内の診療所で電子カルテをまだ導入していないか、更新を検討しているなら、絶対に見逃せない制度ですね！
室谷
代表取締役
その通りです！電子カルテ導入は一度決めると5〜10年単位で付き合う長い投資です。この補助金を使って自己負担を1/4まで抑えながら、最初からHL7 FHIR対応の標準規格システムを選ぶことが、医療DX時代を生き抜くクリニック経営の第一歩になります。東京都内でクリニックを運営されている先生、ぜひ2026年度中に申請を進めてみてください！
室谷
代表取締役
東京都の補助金情報をまとめてチェックしたい方は東京都の補助金一覧もご覧ください。
問い合わせ先
東京都保健医療局医療政策部医療政策課（電話: 03-5320-4448）
公式ページ: hokeniryo.metro.tokyo.lg.jp